Quy định miễn thuế TNDN 3 năm đầu là nội dung được nhiều doanh nghiệp nhỏ và vừa mới đăng ký kinh doanh lần đầu, cũng như hộ kinh doanh chuyển đổi lên doanh nghiệp, đặc biệt quan tâm. Với dự án đầu tư, cần phân biệt ưu đãi riêng theo pháp luật thuế TNDN với chính sách miễn 3 năm dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
Tuy nhiên, “miễn thuế 3 năm” không phải là quyền lợi tự động áp dụng cho mọi doanh nghiệp: thời điểm tính ưu đãi, điều kiện quy mô, lịch sử thành lập, cách xác định thu nhập được miễn thuế và các trường hợp bị loại trừ đều có thể quyết định doanh nghiệp được hưởng ưu đãi hay bỏ lỡ cơ hội hợp pháp để tối ưu chi phí thuế.
Bài viết này sẽ làm rõ bản chất quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm đầu, đối tượng nào có thể áp dụng, cách xác định đúng thời gian miễn thuế cũng như những lưu ý quan trọng khi kê khai và lưu hồ sơ.
Nếu đang chuẩn bị thành lập doanh nghiệp hoặc vận hành một doanh nghiệp mới, bạn sẽ cần hiểu rõ các quy định này trước khi đưa ra quyết định tài chính bởi chỉ một cách hiểu sai về “3 năm đầu” cũng có thể tạo ra chênh lệch lớn về nghĩa vụ thuế.
Xác định doanh nghiệp đủ điều kiện để miễn thuế TNDN 3 năm
Doanh nghiệp được miễn thuế TNDN 3 năm khi thuộc doanh nghiệp nhỏ và vừa theo tiêu chí pháp luật hiện hành, đăng ký kinh doanh lần đầu và không rơi vào các trường hợp loại trừ. Điều kiện về quy mô DNNVV cũng cần được theo dõi trong thời gian hưởng ưu đãi; nếu trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện ưu đãi thì không được hưởng ưu đãi cho kỳ đó.
Ba lớp điều kiện này phải được rà soát đồng thời. Qua thực tế triển khai, đây là phần doanh nghiệp hay hiểu nhầm nhất, vì nhiều người chỉ nhìn vào việc “mới thành lập” mà bỏ qua tiêu chí quy mô và lịch sử pháp lý của công ty.
Hotline tư vấn 058.565.2555
Ba lớp điều kiện cần đối chiếu
Không phải mọi công ty mới lập là được miễn thuế. Doanh nghiệp phải lọt qua đủ ba lớp sàng lọc sau, theo đúng thứ tự logic khi rà soát hồ sơ.
- Lớp quy mô: doanh nghiệp phải thuộc nhóm siêu nhỏ, nhỏ hoặc vừa theo tiêu chí số lao động tham gia BHXH bình quân năm và tổng doanh thu hoặc tổng nguồn vốn, tùy nhóm quy mô và lĩnh vực.
- Lớp lịch sử thành lập: doanh nghiệp phải đăng ký kinh doanh lần đầu, được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, không phải doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Lớp phạm vi thu nhập: một số khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 không được áp dụng ưu đãi này, như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; chuyển nhượng bất động sản, trừ trường hợp luật có ngoại lệ; chuyển nhượng dự án đầu tư; hoạt động sản xuất, kinh doanh ở nước ngoài và một số hoạt động đặc thù khác.
Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 3 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, thời gian này tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp giấy.
Điểm cần lưu ý là “liên tục” nghĩa là không được ngắt quãng hay chọn lại năm bắt đầu tùy ý, trừ trường hợp kỳ tính thuế đầu tiên có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế dưới 12 tháng; khi đó doanh nghiệp được lựa chọn hưởng ưu đãi ngay kỳ đầu tiên hoặc đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu từ kỳ tính thuế tiếp theo.
Bảng tiêu chí quy mô theo lĩnh vực
| Lĩnh vực | Nhóm quy mô | Lao động BHXH bình quân năm | Doanh thu năm | Tổng nguồn vốn |
| Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | Siêu nhỏ | Không quá 10 người | Không quá 3 tỷ đồng | Không quá 3 tỷ đồng |
| Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | Nhỏ | Không quá 100 người | Không quá 50 tỷ đồng | Không quá 20 tỷ đồng |
| Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | Vừa | Không quá 200 người | Không quá 200 tỷ đồng | Không quá 100 tỷ đồng |
| Thương mại, dịch vụ | Siêu nhỏ | Không quá 10 người | Không quá 10 tỷ đồng | Không quá 3 tỷ đồng |
| Thương mại, dịch vụ | Nhỏ | Không quá 50 người | Không quá 100 tỷ đồng | Không quá 50 tỷ đồng |
| Thương mại, dịch vụ | Vừa | Không quá 100 người | Không quá 300 tỷ đồng | Không quá 100 tỷ đồng |
Doanh nghiệp phải đáp ứng tiêu chí lao động và một trong hai chỉ tiêu doanh thu hoặc nguồn vốn; đồng thời doanh nghiệp nhỏ không phải là doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp vừa không phải là doanh nghiệp siêu nhỏ hoặc nhỏ theo ngưỡng tương ứng.
Trường hợp doanh nghiệp hoạt động dưới một năm hoặc chưa phát sinh doanh thu thì tiêu chí doanh thu được thay bằng tiêu chí tổng nguồn vốn theo quy định; đồng thời vẫn phải đối chiếu tiêu chí số lao động tham gia BHXH tương ứng.
Để tận dụng hiệu quả chính sách miễn thuế TNDN trong 3 năm đầu và đảm bảo hồ sơ, sổ sách đúng quy định, doanh nghiệp có thể tham khảo dịch vụ kế toán dành cho doanh nghiệp chuyên nghiệp, phù hợp với từng giai đoạn hoạt động.
Điểm dễ nhầm khi tự xác định điều kiện
Ba tình huống dưới đây là lỗi thực tế phổ biến khi doanh nghiệp hoặc kế toán nội bộ tự đối chiếu điều kiện, không phải khái niệm lý thuyết.
- Doanh nghiệp mới được hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình nhưng vẫn bị đơn vị tự làm nhầm là đủ điều kiện chỉ vì có Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới.
- Xác định nhầm lĩnh vực hoạt động chính khi doanh nghiệp có ngành nghề hỗn hợp. Lĩnh vực để xác định tiêu chí DNNVV phải căn cứ vào ngành, nghề kinh doanh chính mà doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan đăng ký kinh doanh.
- Lấy số liệu doanh thu hoặc nguồn vốn không đúng kỳ làm căn cứ. Với doanh nghiệp đã hoạt động đủ kỳ, doanh thu và nguồn vốn căn cứ vào báo cáo tài chính năm trước liền kề; với doanh nghiệp hoạt động dưới một năm, tổng nguồn vốn được xác định trên bảng cân đối kế toán tại thời điểm cuối quý liền kề thời điểm xác định.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Một lỗi dễ gặp là doanh nghiệp chỉ nhìn ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mà không kiểm tra người đại diện theo pháp luật thuộc diện là thành viên góp vốn, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã từng giữ vai trò tương ứng tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng hay chưa. Quy định này không đặt thêm điều kiện doanh nghiệp cũ phải hoạt động trong “cùng lĩnh vực”.
Ở bước này cũng cần lưu ý ngoại lệ: trường hợp người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp mới không phải là thành viên góp vốn thì không bị áp dụng điều kiện loại trừ riêng đối với người đại diện theo pháp luật theo điểm b2 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
Chúng tôi lưu ý thêm hai điểm: thứ nhất, doanh nghiệp cần lưu giữ toàn bộ hồ sơ chứng minh thời điểm cấp giấy chứng nhận đăng ký lần đầu và các tài liệu làm căn cứ xác định quy mô, không chỉ dựa vào lời khai; thứ hai, với doanh nghiệp hoạt động đa ngành, lĩnh vực được xác định theo ngành, nghề kinh doanh chính đã đăng ký với cơ quan đăng ký kinh doanh, không tự chọn lĩnh vực dựa trên tỷ trọng doanh thu hoặc lao động để áp ngưỡng thuận lợi hơn.
Case study minh họa
Một công ty thương mại được thành lập trên cơ sở một hộ kinh doanh đã hoạt động 5 năm. Chủ doanh nghiệp lo ngại việc từng kinh doanh dưới hình thức hộ kinh doanh khiến công ty không còn được coi là “đăng ký kinh doanh lần đầu”.
Tuy nhiên, việc chủ sở hữu từng kinh doanh dưới hình thức hộ kinh doanh không tự động làm doanh nghiệp mất điều kiện “đăng ký kinh doanh lần đầu” theo Nghị định 20, vì điều kiện loại trừ tại điểm b2 đang dẫn tới các vai trò tại doanh nghiệp khác. Công ty vẫn phải kiểm tra tiêu chí DNNVV, nguồn gốc hình thành doanh nghiệp và các điều kiện loại trừ còn lại.
Trường hợp doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh đồng thời đáp ứng ưu đãi 2 năm theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và ưu đãi 3 năm theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP thì cần đối chiếu cơ chế lựa chọn ưu đãi có lợi nhất và thực hiện ổn định trong thời gian hưởng ưu đãi.
Bài học là không được tự suy luận “đã từng có hộ kinh doanh = không phải đăng ký kinh doanh lần đầu”; phải đối chiếu đúng điều kiện pháp lý của chính doanh nghiệp và chủ thể liên quan.
Lưu ý rủi ro và lỗi phổ biến
Rủi ro lớn nhất khi tự xác định điều kiện là doanh nghiệp áp dụng miễn thuế ngay từ đầu mà không lưu hồ sơ chứng minh, đến khi quyết toán hoặc kiểm tra thuế mới phát hiện thiếu căn cứ, dẫn đến bị truy thu thuế, tiền chậm nộp và xử lý theo quy định nếu kê khai sai.
Một rủi ro khác là hiểu quá rộng điều kiện về lịch sử pháp lý, đặc biệt với trường hợp người đại diện theo pháp luật thuộc diện quy định, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã giữ vai trò tương ứng tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng.
Thời gian miễn thuế, trường hợp loại trừ và cách tính
Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN liên tục trong 3 năm tính từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, trừ quyền lựa chọn đối với kỳ tính thuế đầu tiên có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng.
Không phải mọi doanh nghiệp mới đều đủ điều kiện, và không phải mọi thu nhập phát sinh đều được miễn. Có hai nhóm điều kiện về doanh nghiệp có thể làm mất quyền hưởng ưu đãi và một nhóm thu nhập không được áp dụng ưu đãi: doanh nghiệp hình thành từ các trường hợp tổ chức lại/chuyển đổi quy định tại Nghị định 20; doanh nghiệp có các chủ thể giữ vai trò thuộc điểm b2; và các khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN.
Cách tính mốc thời gian 3 năm
Thời gian ưu đãi tính liên tục kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp kỳ tính thuế đầu tiên có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng thì doanh nghiệp có thể lựa chọn hưởng ngay trong kỳ đầu hoặc đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu từ kỳ tính thuế tiếp theo.
Với doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực ngày 17/5/2025 nhưng chu kỳ 3 năm tính từ năm được cấp giấy lần đầu vẫn còn, doanh nghiệp được hưởng phần thời gian ưu đãi còn lại, không tính lại 3 năm mới từ đầu.
| Tình huống | Cách tính | Không được áp dụng |
| Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu sau thời điểm chính sách có hiệu lực | 3 năm liên tục từ năm cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu; nếu kỳ đầu có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng thì được lựa chọn hưởng ngay hoặc đăng ký bắt đầu từ kỳ tiếp theo | Tự dời mốc ưu đãi sang năm có lợi nhuận nếu không thuộc trường hợp được lựa chọn theo khoản 5 Điều 7 |
| Doanh nghiệp cấp giấy trước ngày 17/5/2025, còn thời gian ưu đãi | Hưởng phần thời gian còn lại của chu kỳ 3 năm tính từ năm cấp giấy lần đầu | Tính lại chu kỳ 3 năm mới từ ngày 17/5/2025 |
| Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình | Không thuộc diện miễn thuế 3 năm theo chính sách này | Không áp dụng chỉ vì doanh nghiệp vẫn đáp ứng tiêu chí quy mô |
| Người đại diện theo pháp luật là thành viên góp vốn, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất thuộc trường hợp đã giữ vai trò tương ứng tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc đã giải thể chưa đủ 12 tháng | Thuộc trường hợp cần loại trừ theo điểm b2 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20 | Không tự mở rộng hoặc thu hẹp điều kiện ngoài phạm vi vai trò và mốc thời gian pháp luật quy định |
Một điểm doanh nghiệp thường bỏ sót là khoản thu nhập thuộc diện không được áp dụng ưu đãi theo khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN, dù doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện về quy mô và lịch sử thành lập.
Nhóm này gồm thu nhập từ chuyển nhượng vốn, quyền góp vốn; chuyển nhượng bất động sản, trừ ngoại lệ luật quy định; chuyển nhượng dự án đầu tư, quyền tham gia dự án; hoạt động sản xuất, kinh doanh ở nước ngoài; tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí, tài nguyên và khoáng sản; sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng và một số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ các ngoại lệ theo luật. Nói cách khác, “đủ điều kiện miễn thuế” và “toàn bộ thu nhập được miễn” là hai việc khác nhau.
Vì sao doanh nghiệp hay tính sai thời điểm bắt đầu
Qua thực tế triển khai, ba tình huống sau khiến doanh nghiệp hoặc kế toán nội bộ tính sai mốc 3 năm, dẫn đến kê khai thiếu hoặc kê khai thừa ưu đãi.
- Doanh nghiệp thành lập cuối năm, kỳ tính thuế đầu tiên chưa đủ 12 tháng nhưng không kiểm tra quyền lựa chọn tại khoản 5 Điều 7 Nghị định 20. Nếu kỳ đầu có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng, doanh nghiệp có thể hưởng ngay kỳ đó hoặc đăng ký bắt đầu từ kỳ tiếp theo.
- Doanh nghiệp được cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp do thay đổi thông tin như địa chỉ, ngành nghề, người đại diện và nhầm ngày cấp lại là ngày bắt đầu tính ưu đãi, thay vì ngày cấp lần đầu.
- Doanh nghiệp có người đại diện theo pháp luật là thành viên góp vốn từng giữ vai trò thuộc diện quy định tại một doanh nghiệp khác nhưng không kiểm tra tình trạng doanh nghiệp cũ và mốc 12 tháng, dẫn đến áp dụng miễn thuế sai đối tượng.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Một lỗi dễ gặp là doanh nghiệp chỉ kiểm tra điều kiện tại thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi mà không tiếp tục rà soát tiêu chí DNNVV trong các kỳ tính thuế tiếp theo. Nếu trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện ưu đãi thì không được hưởng ưu đãi cho kỳ đó.
Riêng việc thay đổi cổ đông hoặc người đại diện sau ngày thành lập không nên tự động kết luận làm mất ưu đãi chỉ dựa trên suy đoán; cần đối chiếu đúng câu chữ khoản 3 Điều 7 Nghị định 20 và hướng dẫn của cơ quan thuế đối với hồ sơ cụ thể.
Chúng tôi lưu ý thêm, doanh nghiệp cần phân loại rõ từng khoản thu nhập trong kỳ, không gộp chung toàn bộ thu nhập vào diện miễn thuế. Với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đáp ứng tiêu chí quy mô nhỏ và vừa, yếu tố vốn ngoại không phải là một điều kiện loại trừ độc lập được liệt kê tại khoản 3 Điều 7 Nghị định 20; tuy nhiên doanh nghiệp vẫn phải rà soát đầy đủ điều kiện về quy mô, lịch sử thành lập và các trường hợp loại trừ khác trước khi kết luận.
Cách kê khai, hồ sơ kiểm tra và sai lầm cần tránh
Kê khai đúng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm không chỉ là đánh dấu “được miễn” trên tờ khai, mà đòi hỏi phân loại đúng thu nhập, chứng minh bằng hồ sơ cụ thể và theo dõi điều kiện qua từng kỳ tính thuế.
Phần thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN không được hưởng ưu đãi 3 năm; trong đó có chuyển nhượng vốn, quyền góp vốn, một số thu nhập từ bất động sản, dự án đầu tư và hoạt động sản xuất, kinh doanh ở nước ngoài. Với từng khoản cần kiểm tra ngoại lệ cụ thể của luật thay vì áp dụng một danh sách rút gọn máy móc.
Quy trình kê khai và những điểm dễ vướng
Quy trình xử lý ưu đãi này thường đi qua bảy bước, nhưng ba bước cuối là nơi hồ sơ dễ bị chậm hoặc thiếu logic nhất khi doanh nghiệp tự làm.
- Xác định doanh nghiệp thuộc nhóm siêu nhỏ, nhỏ hay vừa theo ngành, nghề kinh doanh chính đã đăng ký và tiêu chí tại Nghị định 80/2021/NĐ-CP.
- Kiểm tra doanh nghiệp có đăng ký kinh doanh lần đầu, không hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hay chuyển đổi loại hình.
- Rà soát lịch sử của người đại diện theo pháp luật thuộc trường hợp là thành viên góp vốn, thành viên hợp danh và người có số vốn góp cao nhất theo đúng phạm vi điểm b2 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20.
- Xác định ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, lập lịch ưu đãi 3 năm và kiểm tra quyền lựa chọn chuyển thời điểm bắt đầu sang kỳ tính thuế tiếp theo nếu kỳ đầu có thời gian được miễn dưới 12 tháng.
- Tách riêng các khoản thu nhập không được hưởng ưu đãi theo khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN.
- Doanh nghiệp tự xác định điều kiện và số thuế được miễn để kê khai trên hồ sơ quyết toán. Theo hệ thống biểu mẫu hiện hành từ 01/07/2026, Mẫu 03-3A/TNDN được sử dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp được hưởng ưu đãi TNDN và nộp kèm tờ khai 03/TNDN khi thuộc trường hợp áp dụng.
- Lưu toàn bộ hồ sơ chứng minh điều kiện để giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.
Bước 3 và bước 5 là hai điểm khách hàng hay giao chậm cho đơn vị dịch vụ, vì doanh nghiệp thường không chủ động cung cấp thông tin về vai trò của người đại diện, thành viên góp vốn hoặc không tách riêng các khoản thu nhập không được ưu đãi trong sổ chi tiết. Kế toán dịch vụ cần chủ động hỏi và cảnh báo ngay từ đầu năm, không đợi đến lúc lập báo cáo quyết toán mới phát hiện thiếu.
Hồ sơ cần chuẩn bị và lưu trữ
Bảng dưới đây tổng hợp các nhóm tài liệu nên lưu để chứng minh điều kiện hưởng ưu đãi và phục vụ việc kê khai, giải trình.
| Nhóm hồ sơ | Tài liệu cụ thể | Vai trò |
| Xác nhận thành lập | Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, các lần thay đổi thông tin nếu có | Xác định mốc cấp lần đầu và lịch ưu đãi |
| Xác định quy mô | Dữ liệu lao động tham gia BHXH; báo cáo tài chính năm trước liền kề; trường hợp hoạt động dưới một năm thì sử dụng dữ liệu lao động của các tháng hoạt động và tổng nguồn vốn trên bảng cân đối kế toán tại thời điểm cuối quý liền kề theo quy định | Chứng minh doanh nghiệp thuộc nhóm siêu nhỏ, nhỏ hoặc vừa |
| Chứng minh nguồn gốc thành lập | Hồ sơ đăng ký thành lập, hồ sơ góp vốn và các tài liệu về nguồn gốc hình thành doanh nghiệp có liên quan | Đối chiếu trường hợp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình |
| Rà soát chủ thể thuộc điểm b2 | Hồ sơ đăng ký doanh nghiệp, thông tin thành viên/cổ đông và dữ liệu pháp lý có thể kiểm chứng về vai trò của người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh, người có số vốn góp cao nhất tại doanh nghiệp khác | Kiểm tra điều kiện liên quan đến doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc đã giải thể chưa đủ 12 tháng |
| Kê khai chính thức | Tờ khai quyết toán 03/TNDN và Mẫu 03-3A/TNDN theo biểu mẫu hiện hành từ 01/07/2026, hoặc biểu mẫu tương ứng áp dụng cho kỳ kê khai cụ thể | Thể hiện phần thu nhập và số thuế TNDN được hưởng ưu đãi trên hồ sơ thuế |
Khi doanh nghiệp kê khai khoản thu nhập thuộc diện ưu đãi theo hệ thống biểu mẫu hiện hành, phải lập phụ lục ưu đãi tương ứng theo quy định của hồ sơ quyết toán; từ 01/07/2026, Mẫu 03-3A/TNDN áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp được hưởng ưu đãi TNDN.
Chúng tôi lưu ý biên bản rà soát nội bộ về điều kiện hưởng ưu đãi không phải biểu mẫu pháp lý bắt buộc, nhưng là tài liệu nội bộ rất nên có để giải trình khi cần đối chiếu lại sau này.
Lưu ý thực tế từ chuyên gia kế toán và thuế
Một lỗi dễ gặp là doanh nghiệp gộp chung tất cả thu nhập vào diện được miễn, trong khi các khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN phải tách khỏi phần ưu đãi. Ở bước này cần kiểm tra kỹ sổ chi tiết từng nguồn thu nhập, không chỉ nhìn số tổng trên báo cáo kết quả kinh doanh.
Các khoản không được hưởng ưu đãi 3 năm phải được xác định nghĩa vụ thuế theo quy định TNDN áp dụng đối với chính khoản thu nhập đó, không mặc định rằng tất cả đều áp cùng một “thuế suất thông thường”.
Chúng tôi cũng lưu ý doanh nghiệp không nên chỉ dựa vào văn bản cũ khi tư vấn hoặc tự tra cứu, vì hệ thống pháp luật TNDN đã thay đổi đáng kể từ Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP, Nghị định 20/2026/NĐ-CP và các văn bản quản lý thuế mới. Việc chưa có lợi nhuận trong năm không tự động cho phép gia hạn thời gian ưu đãi; riêng kỳ tính thuế đầu tiên dưới 12 tháng phải xử lý theo quyền lựa chọn tại khoản 5 Điều 7 Nghị định 20.
Case study minh họa
Một doanh nghiệp xây dựng nhỏ và vừa trong năm đầu hoạt động có phát sinh thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn góp mà doanh nghiệp đang sở hữu tại một doanh nghiệp khác. Vướng mắc là kế toán nội bộ gộp luôn khoản thu nhập này vào phần được miễn thuế 3 năm, vì nghĩ doanh nghiệp đã đủ điều kiện DNNVV.
Kế Toán Lâm Nguyên rà soát sổ chi tiết, xác định thu nhập chuyển nhượng vốn thuộc nhóm không được áp dụng ưu đãi 3 năm theo khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN, từ đó tách riêng khỏi phần thu nhập được miễn để xác định thuế theo quy định áp dụng đối với thu nhập chuyển nhượng vốn.
Kết quả là trong tình huống minh họa, doanh nghiệp kê khai đúng phần thu nhập được ưu đãi và phần không được ưu đãi ngay từ đầu. Bài học là mỗi khoản thu nhập ngoài hoạt động được miễn cần được kiểm tra riêng, không áp dụng ưu đãi theo cảm tính.
Lỗi thường gặp khi tự kê khai
- Nghĩ rằng mọi doanh nghiệp mới thành lập đều tự động được miễn thuế mà không đối chiếu đủ điều kiện DNNVV, đăng ký lần đầu và các trường hợp loại trừ.
- Tính mốc ưu đãi từ ngày phát sinh doanh thu hoặc lợi nhuận thay vì năm cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, đồng thời bỏ sót quyền lựa chọn chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi kỳ đầu có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng.
- Miễn thuế luôn cả các khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN, dẫn đến kê khai thiếu số thuế phải nộp.
- Không rà soát đúng các chủ thể tại điểm b2 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20 hoặc bỏ sót ngoại lệ người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn.
- Không lưu tài liệu chứng minh điều kiện DNNVV và điều kiện ưu đãi theo từng kỳ, dẫn đến thiếu căn cứ giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
Các câu hỏi thường gặp:
Doanh nghiệp mới thành lập có đương nhiên được miễn thuế TNDN 3 năm không?
Không. Doanh nghiệp phải là doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, đáp ứng điều kiện trong kỳ tính thuế và không thuộc các trường hợp bị loại trừ tại khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP. Ngoài ra, một số khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN vẫn không được hưởng ưu đãi này.
Thời gian miễn thuế TNDN được tính từ ngày nào?
Thời gian ưu đãi được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Tuy nhiên, nếu kỳ tính thuế đầu tiên có thời gian hoạt động được miễn dưới 12 tháng, doanh nghiệp được lựa chọn hưởng ngay kỳ đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu từ kỳ tính thuế tiếp theo.
Doanh nghiệp thành lập trước ngày 17/5/2025 có được hưởng không?
Có thể được hưởng phần thời gian còn lại nếu doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và chu kỳ 3 năm tính từ năm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu vẫn còn tại thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực ngày 17/5/2025. Doanh nghiệp không được mặc nhiên tính lại toàn bộ 3 năm từ ngày chính sách mới có hiệu lực.
Doanh nghiệp thành lập do sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi loại hình có được miễn không?
Không thuộc diện ưu đãi 3 năm nếu doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp theo điểm b1 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
Kết luận
Miễn thuế TNDN 3 năm đầu là cơ hội tài chính thực sự đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, nhưng chỉ có giá trị khi doanh nghiệp xác định đúng điều kiện, tính đúng mốc thời gian và kê khai đúng từng khoản thu nhập. Sai một trong ba phần này, số thuế đã tự xác định được miễn có thể bị điều chỉnh, truy thu và phát sinh tiền chậm nộp hoặc chế tài nếu thuộc trường hợp vi phạm.
Nếu doanh nghiệp chưa chắc mình có thuộc diện được miễn thuế hay không, hoặc đang loay hoay với việc tách khoản thu nhập, rà soát lịch sử người đại diện, xác định quy mô DNNVV và chuẩn bị hồ sơ chứng minh, đây chính là lúc nên có một đơn vị kế toán đồng hành thay vì tự làm và chịu rủi ro về sau.
Kế Toán Lâm Nguyên nhận rà soát điều kiện, hồ sơ và hỗ trợ kê khai ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa. Gọi Hotline 058.565.2555 để được tư vấn cụ thể theo tình hình thực tế của doanh nghiệp bạn.
