Doanh nghiệp sản xuất phần mềm được ưu đãi thuế , nhưng không phải cứ đăng ký ngành nghề phần mềm là mặc nhiên được hưởng. Điểm dễ bỏ qua là Thông tư 13/2020/TT-BTTTT đã hết hiệu lực; từ năm 2026, việc xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm thực hiện theo Luật Công nghiệp công nghệ số và Nghị định 353/2025/NĐ-CP.
Vậy doanh nghiệp của bạn có đang thực sự sản xuất phần mềm, khoản thu nhập nào thuộc diện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, và cần chứng minh điều đó ra sao? Bài viết sẽ lần lượt làm rõ điều kiện áp dụng, cách xác định hoạt động và những hồ sơ cần chuẩn bị để bạn không bỏ lỡ ưu đãi chỉ vì dựa vào quy định cũ.
Doanh nghiệp sản xuất phần mềm cần đáp ứng điều kiện nào để được hưởng ưu đãi thuế?
Ưu đãi thuế TNDN không chỉ gắn với tên công ty hay mã ngành. Để tự rà soát hồ sơ, có thể nhìn theo bốn lớp: chủ thể/dự án, sản phẩm, hoạt động sản xuất và thu nhập. Riêng ưu đãi thuế suất 10% trong 15 năm cùng thời gian miễn, giảm thuế nêu dưới đây còn gắn với điều kiện về dự án đầu tư mới theo pháp luật thuế. Doanh nghiệp cần chứng minh các yếu tố liên quan bằng hồ sơ và sổ sách phù hợp, không chỉ dựa vào mã ngành đăng ký.
Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP đang có hiệu lực, thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc ngành nghề sản xuất sản phẩm phần mềm có thể áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện ưu đãi.
4 lớp điều kiện cần rà soát
| Lớp | Câu hỏi cần trả lời | Tài liệu gợi ý |
| Chủ thể/dự án | Doanh nghiệp có dự án đầu tư mới thuộc ngành nghề sản xuất sản phẩm phần mềm không? | Đăng ký doanh nghiệp, hồ sơ đầu tư hoặc Báo cáo thực hiện dự án đầu tư theo trường hợp áp dụng, hồ sơ nhân sự |
| Sản phẩm | Đối tượng tạo ra có phải sản phẩm phần mềm theo pháp luật công nghiệp công nghệ số không? | Product brief, đặc tả sản phẩm, tài liệu phân loại sản phẩm |
| Hoạt động sản xuất | Doanh nghiệp thực tế thực hiện những công việc nào để tạo ra sản phẩm? | Tài liệu phân tích, thiết kế, mã nguồn, lịch sử phát triển, kiểm thử, đóng gói tùy công việc thực tế |
| Thu nhập | Khoản thu nhập nào phát sinh từ hoạt động/dự án đủ điều kiện? | Hợp đồng, hóa đơn, sổ kế toán, bảng phân loại doanh thu và chi phí |
Với lớp sản phẩm, từ 01/01/2026 không còn đối chiếu danh mục sản phẩm phần mềm tại Phụ lục 01 Thông tư 09/2013/TT-BTTTT như trước. Thông tư 09/2013/TT-BTTTT và Thông tư 20/2021/TT-BTTTT đã hết hiệu lực từ 31/12/2025.
Theo Luật Công nghiệp công nghệ số, sản phẩm phần mềm gồm phần mềm hệ thống, phần mềm ứng dụng, phần mềm tiện ích, phần mềm công cụ, phần mềm nền tảng số và các phần mềm khác đáp ứng định nghĩa của luật.
Đối với ưu đãi theo diện dự án đầu tư mới, hồ sơ dự án cũng phải đáp ứng khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP: dự án thuộc diện cấp/chấp thuận/cho phép đầu tư phải có hồ sơ tương ứng; trường hợp không thuộc diện này thì việc xác định dự án đầu tư mới căn cứ vào Báo cáo thực hiện dự án đầu tư theo pháp luật đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư. Lớp này nên xem riêng, vì thời điểm có doanh thu và thu nhập chịu thuế quyết định thời gian ưu đãi.
Để đảm bảo ưu đãi thuế được áp dụng đúng và hồ sơ thuế được kê khai đầy đủ, doanh nghiệp có thể tham khảo Dịch vụ kế toán thuế công ty để được hỗ trợ từ khâu xác định ưu đãi đến thực hiện nghĩa vụ thuế.
Các công việc xác định hoạt động sản xuất phần mềm từ năm 2026
Từ năm 2026, không còn áp dụng quy trình cố định 7 công đoạn của Thông tư 13/2020/TT-BTTTT. Theo điểm b khoản 1 Điều 4 Nghị định 353/2025/NĐ-CP, sản xuất sản phẩm phần mềm là việc thực hiện một hoặc một số công việc gồm:
- Nghiên cứu và phát triển.
- Phân tích.
- Sáng tạo.
- Thiết kế.
- Lập trình.
- Thử nghiệm.
- Kiểm thử.
- Đóng gói sản phẩm phần mềm và các công việc khác để sản xuất ra sản phẩm phần mềm.
Như vậy, pháp luật mới không ấn định doanh nghiệp phải hoàn thành đủ một số lượng công đoạn cố định hoặc bắt buộc phải thực hiện riêng hai công đoạn “xác định yêu cầu” và “phân tích, thiết kế” như cách áp dụng theo Thông tư 13/2020/TT-BTTTT trước đây. Doanh nghiệp phải tự chứng minh hoạt động thực tế thuộc phạm vi sản xuất sản phẩm phần mềm và tự chịu trách nhiệm về tính xác thực của hồ sơ.
Nhận diện từng mô hình doanh nghiệp
| Mô hình | Khả năng thuộc phạm vi | Điểm cần kiểm tra |
| Phát triển phần mềm quản trị nhân sự để bán hoặc chuyển giao quyền sử dụng | Có cơ sở xem xét | Sản phẩm, công việc sản xuất thực tế, dự án đầu tư và nguồn thu |
| Xây dựng nền tảng thương mại điện tử của chính mình | Cần phân tích riêng | Thu nhập phát sinh từ sản xuất sản phẩm phần mềm hay từ hoạt động thương mại trên nền tảng |
| Gia công phần mềm theo yêu cầu, không sở hữu sản phẩm cuối cùng | Có thể có cơ sở xem xét | Doanh nghiệp thực tế thực hiện công việc sản xuất nào theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP và thu nhập có thuộc dự án đủ điều kiện không |
| Chỉ triển khai, đào tạo, vận hành, bảo trì phần mềm của bên khác | Không mặc nhiên là sản xuất sản phẩm phần mềm | Đây có thể là dịch vụ công nghệ số; cần tách khỏi hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm để đánh giá ưu đãi |
Một lỗi dễ gặp là vẫn dùng logic 7 công đoạn của Thông tư 13/2020/TT-BTTTT để kết luận hoạt động năm 2026. Theo pháp luật mới, phải xác định doanh nghiệp thực tế thực hiện công việc nào để tạo ra sản phẩm phần mềm.
Các hoạt động như cài đặt, đào tạo, vận hành, bảo hành, bảo trì và phân phối được pháp luật công nghiệp công nghệ số liệt kê trong nhóm dịch vụ công nghệ số, nên không thể chỉ dựa vào các hoạt động này để mặc nhiên kết luận doanh nghiệp có thu nhập từ sản xuất sản phẩm phần mềm.
Kế toán phải tách được gì
Ở bước này cần kiểm tra kỹ hai việc. Thứ nhất, thu nhập của hoạt động đủ điều kiện phải được hạch toán riêng với hoạt động không được ưu đãi; trên thực tế, kế toán nên tách doanh thu và chi phí liên quan để xác định được phần thu nhập này. Thứ hai, chi phí dùng chung như lương, thuê văn phòng, máy chủ cần có căn cứ phân bổ nhất quán và lưu được bảng tính.
Trường hợp trong kỳ doanh nghiệp không hạch toán riêng được thu nhập ưu đãi và thu nhập không ưu đãi, Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định phần thu nhập ưu đãi được xác định bằng tổng thu nhập chịu thuế nhân với tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động ưu đãi trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp. Vì vậy không nên tự chọn một tỷ lệ phân bổ theo cảm tính.
Nếu không tách được ngay từ đầu, phần ưu đãi dễ bị xác định sai khi quyết toán. Đây là điểm khách hàng hay chậm bổ sung, và người làm kế toán phải cảnh báo sớm.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế toán Lâm Nguyên
- Hãy lập hồ sơ kỹ thuật ngay trong lúc phát triển. Ghi chép yêu cầu, phiên bản tài liệu thiết kế và lịch sử commit sẽ khó dựng lại nếu để đến cuối năm.
- Ghi rõ trong hợp đồng phần nào là sản phẩm/quyền sử dụng phần mềm, phần nào là triển khai, đào tạo, bảo trì hoặc dịch vụ khác nếu bản chất giao dịch thực tế có thể tách được. Mô tả hợp đồng quá chung chung làm khó việc xác định nguồn thu nhập được ưu đãi.
- Khi có nhiều dự án, hãy lập bảng ánh xạ từng dự án với hồ sơ đầu tư, sản phẩm và doanh thu. Bảng này giúp xác định năm đầu có doanh thu, và từ đó tính đúng thời gian miễn giảm.
Tình huống minh họa
- Tình huống: công ty bán phần mềm quản lý kho và có thêm dịch vụ triển khai cho khách.
- Vướng mắc: hóa đơn ghi chung một dòng “dịch vụ phần mềm”, chi phí nhân sự không tách được.
- Cách xử lý: tách giá trị sản phẩm phần mềm và dịch vụ triển khai trên hợp đồng, hóa đơn theo đúng bản chất giao dịch; đồng thời lập tiêu chí theo dõi hoặc phân bổ chi phí nhân sự theo dự án.
- Kết quả: sổ chi tiết cho thấy rõ thu nhập của hoạt động đủ điều kiện.
- Bài học: tách dữ liệu từ đầu năm dễ hơn nhiều so với sửa cuối năm.
Lỗi thường gặp
- Cho rằng có mã nguồn là chắc chắn được ưu đãi. Mã nguồn chỉ là một mảnh của chuỗi bằng chứng.
- Không lưu được bằng chứng về những công việc sản xuất phần mềm mà doanh nghiệp thực tế đã thực hiện theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP, chẳng hạn tài liệu phân tích, thiết kế, mã nguồn, lịch sử phát triển hoặc kiểm thử tùy mô hình.
- Áp ưu đãi lên toàn bộ lợi nhuận trong khi doanh thu gồm cả hoạt động không đủ điều kiện.
- Tính sai mốc năm đầu có doanh thu hoặc thu nhập chịu thuế của dự án mới. Thuế suất ưu đãi được tính từ năm đầu dự án có doanh thu; thời gian miễn, giảm tính từ năm đầu có thu nhập chịu thuế. Nếu không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu kể từ năm đầu có doanh thu thì thời gian miễn, giảm được tính từ năm thứ tư.
Chính sách giảm thuế bổ sung 2026 và 2027
Nghị quyết 43/2026/QH16 có hiệu lực từ 24/8/2026 và áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2026 và 2027. Nghị quyết giảm 30% số thuế TNDN phải nộp đối với doanh nghiệp, tổ chức được thành lập theo pháp luật Việt Nam có doanh thu hằng năm không quá 10 tỷ đồng, trừ trường hợp doanh nghiệp được hình thành từ việc chia, tách sau ngày Nghị quyết có hiệu lực mà tổng doanh thu hằng năm của các doanh nghiệp sau chia, tách trên 10 tỷ đồng.
Đây là chính sách bổ sung có điều kiện và không thay thế việc xác định ưu đãi theo hoạt động phần mềm. Nghị quyết đã quy định rõ: nếu doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế theo Luật Thuế TNDN hoặc các luật, nghị quyết khác của Quốc hội thì mức giảm 30% được tính trên số thuế TNDN còn phải nộp sau khi đã trừ ưu đãi thuế.
Nếu doanh nghiệp đang áp dụng ưu đãi cho hoạt động phần mềm nhưng chưa chắc hồ sơ dự án, cách phân loại sản phẩm hoặc phần thu nhập được hưởng đã đúng quy định từ năm 2026, Kế toán Lâm Nguyên có thể hỗ trợ rà soát trước kỳ quyết toán. Liên hệ Hotline 058.565.2555 để kiểm tra hồ sơ theo tình trạng thực tế.
Doanh nghiệp sản xuất phần mềm được hưởng mức ưu đãi thuế nào và áp dụng cho khoản thu nhập nào?
Theo quy định đang có hiệu lực, thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc nhóm áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo nếu đáp ứng điều kiện.
Các mức này áp dụng cho phần thu nhập đủ điều kiện của dự án, không mặc nhiên áp dụng cho toàn bộ thu nhập của công ty. Doanh nghiệp có doanh thu hằng năm không quá 10 tỷ đồng trong năm 2026 hoặc 2027 còn cần kiểm tra điều kiện giảm thuế theo Nghị quyết 43/2026/QH16.
Căn cứ hiện hành để xác định ưu đãi gồm Luật Thuế TNDN hiện hành và Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Tại điểm b khoản 2 Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, sản xuất sản phẩm phần mềm là ngành nghề ưu đãi thuế; khoản 1 Điều 19 quy định thuế suất 10% trong 15 năm đối với thu nhập từ dự án đầu tư mới thuộc nhóm này;
Điều 20 quy định thời gian miễn, giảm tương ứng. Khi lập hồ sơ cho kỳ tính thuế hiện tại không nên tiếp tục dùng Nghị định 218/2013/NĐ-CP làm căn cứ chính nếu quy định đã được thay thế bởi hệ thống pháp luật mới.
Ba loại ưu đãi khác nhau thế nào
| Nội dung | Thuế suất ưu đãi | Miễn thuế | Giảm thuế |
| Bản chất | Áp dụng mức thuế suất thấp hơn cho thu nhập đủ điều kiện | Không phải nộp TNDN đối với phần thu nhập thuộc thời gian miễn | Giảm một phần số TNDN phải nộp |
| Thời hạn | 10% trong 15 năm, tính từ năm đầu dự án đầu tư mới có doanh thu | 4 năm, tính từ năm đầu có thu nhập chịu thuế; có quy tắc năm thứ tư nếu ba năm đầu chưa có thu nhập chịu thuế | Giảm 50% trong 9 năm tiếp theo |
| Câu hỏi cần kiểm tra | Năm đầu dự án có doanh thu là năm nào? | Năm đầu dự án có thu nhập chịu thuế là năm nào? | Số thuế phải nộp đã xác định đúng theo thu nhập đủ điều kiện chưa? |
| Lỗi thường gặp | Đếm sai mốc 15 năm | Tính sai năm bắt đầu miễn | Giảm cho cả thu nhập không đủ điều kiện |
Thuế suất ưu đãi 15 năm được tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới có doanh thu. Thời gian miễn, giảm được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu kể từ năm đầu có doanh thu thì thời gian miễn, giảm được tính từ năm thứ tư.
Hai mốc này có thể lệch nhau. Vì vậy năm có doanh thu và năm có thu nhập chịu thuế phải được theo dõi riêng ngay từ khi dự án phát sinh doanh thu.
Miễn thuế ở đây là miễn thuế TNDN đối với phần thu nhập đủ điều kiện. Công ty vẫn phải xác định và thực hiện các nghĩa vụ thuế khác theo quy định. Riêng sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo pháp luật GTGT hiện hành.
Nếu doanh nghiệp còn kinh doanh hàng hóa, dịch vụ khác thì nghĩa vụ GTGT của các hoạt động đó phải được xác định riêng. Nghĩa vụ khấu trừ, kê khai thuế TNCN của người lao động và các nghĩa vụ khác vẫn thực hiện theo quy định.
Khoản thu nhập nào được áp dụng
Ưu đãi gắn với thu nhập của dự án đủ điều kiện, không gắn với tổng doanh thu công ty. Qua thực tế triển khai, phần này thường nghẽn ở việc phân loại các dòng tiền hỗn hợp:
- Tiền bán hoặc chuyển giao quyền sử dụng sản phẩm phần mềm do doanh nghiệp sản xuất: có cơ sở xem xét nếu khoản thu nhập thực sự phát sinh từ dự án đầu tư mới đủ điều kiện.
- Thu phí SaaS đối với sản phẩm doanh nghiệp tự phát triển: cần phân tích riêng. Theo Luật Công nghiệp công nghệ số, “cung cấp sản phẩm công nghệ số dưới dạng dịch vụ” thuộc nhóm cung cấp dịch vụ công nghệ số, nên không được mặc nhiên gộp toàn bộ doanh thu SaaS vào thu nhập sản xuất sản phẩm phần mềm.
- Phí triển khai, đào tạo, cài đặt, tích hợp: pháp luật công nghiệp công nghệ số xếp nhiều hoạt động này vào dịch vụ công nghệ số; cần tách và đánh giá theo bản chất hợp đồng.
- Phí tùy biến riêng: phải xem doanh nghiệp thực tế có thực hiện công việc sản xuất phần mềm như phân tích, thiết kế, lập trình, thử nghiệm, kiểm thử hay chỉ cung cấp dịch vụ hỗ trợ.
- Phí bảo trì, bảo hành, hỗ trợ vận hành: thuộc nhóm dịch vụ công nghệ số theo quy định mới, không tự động trở thành thu nhập từ sản xuất sản phẩm phần mềm chỉ vì phần mềm ban đầu do chính doanh nghiệp tạo ra.
- Bán thiết bị, phần cứng hoặc phần mềm mua lại của bên khác: nhìn chung không phải thu nhập từ hoạt động doanh nghiệp sản xuất sản phẩm phần mềm đó.
- Thu nhập tài chính, thanh lý tài sản và các khoản thu nhập khác: không tự động được gộp vào thu nhập ưu đãi; cần xác định theo quy định về phạm vi thu nhập được hưởng ưu đãi.
Với doanh nghiệp gia công, đừng kết luận chỉ vì nhãn “outsourcing” hoặc vì doanh nghiệp không sở hữu sản phẩm cuối cùng. Từ năm 2026, tiêu chí phải xem là doanh nghiệp có thực tế thực hiện một hoặc một số công việc sản xuất phần mềm theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP hay không, sản phẩm tạo ra có đáp ứng khái niệm sản phẩm phần mềm hay không.
Đồng thời dự án và thu nhập có đáp ứng điều kiện ưu đãi TNDN hay không. Không còn điều kiện bắt buộc phải thực hiện riêng một trong hai công đoạn “xác định yêu cầu” hoặc “phân tích và thiết kế” theo cơ chế cũ.
Quy trình 5 bước xác định mức hưởng
- Xác định sản phẩm: đối chiếu với khái niệm sản phẩm phần mềm tại Luật Công nghiệp công nghệ số, không tiếp tục dùng danh mục cũ của Thông tư 09/2013/TT-BTTTT.
- Xác định hoạt động sản xuất: xác định doanh nghiệp thực tế thực hiện một hoặc một số công việc theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP và lưu bằng chứng tương ứng.
- Xác định dự án và mốc thời gian: rà hồ sơ dự án đầu tư mới theo khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, năm đầu có doanh thu và năm đầu có thu nhập chịu thuế.
- Tách thu nhập đủ điều kiện: theo dõi doanh thu, chi phí trực tiếp và chi phí dùng chung; nếu không hạch toán riêng được thu nhập thì áp dụng phương pháp xác định theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
- Tính và kê khai: áp dụng đúng thuế suất, thời gian miễn hoặc giảm theo từng năm.
Ở bước 4 cần kiểm tra kỹ. Doanh nghiệp phải ưu tiên hạch toán riêng thu nhập của hoạt động ưu đãi và không ưu đãi. Đối với chi phí dùng chung, cần lưu rõ căn cứ phân bổ; nếu cuối cùng vẫn không hạch toán riêng được thu nhập ưu đãi thì phải áp dụng phương pháp xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ mà Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định, không tự thay đổi cách chia giữa các năm theo ý chí chủ quan.
Ưu đãi phần mềm và giảm thuế theo nghị quyết mới
Nghị quyết 43/2026/QH16 có hiệu lực từ 24/8/2026 và áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2026, 2027. Nghị quyết giảm 30% số thuế TNDN phải nộp đối với doanh nghiệp, tổ chức được thành lập theo pháp luật Việt Nam có doanh thu hằng năm không quá 10 tỷ đồng, trừ trường hợp chia, tách thuộc diện loại trừ theo Nghị quyết.
Với doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế, Nghị quyết quy định rõ số thuế được giảm 30% được tính trên số thuế TNDN phải nộp sau khi đã trừ ưu đãi thuế.
Như vậy, ưu đãi phần mềm và khoản giảm theo Nghị quyết 43 không loại trừ nhau theo chính Nghị quyết; thứ tự tính đã được quy định. Nghị quyết giao Chính phủ quy định chi tiết, nên khi lập hồ sơ kê khai doanh nghiệp cần tiếp tục kiểm tra văn bản hướng dẫn có hiệu lực tại thời điểm thực hiện.
Ví dụ minh họa với số giả định: giả sử số thuế TNDN tính theo thuế suất ưu đãi 10% là 100 triệu đồng và dự án đang trong 9 năm giảm 50% số thuế phải nộp thì số thuế sau ưu đãi còn 50 triệu đồng. Nếu doanh nghiệp đồng thời đáp ứng điều kiện Nghị quyết 43/2026/QH16, khoản giảm 30% được tính trên 50 triệu đồng, tức giảm 15 triệu đồng và còn 35 triệu đồng. Đây chỉ là phép tính minh họa; số liệu thực tế còn phụ thuộc thu nhập, thời kỳ ưu đãi và điều kiện giảm thuế của từng doanh nghiệp.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế toán Lâm Nguyên
- Ưu đãi gắn với thu nhập đủ điều kiện, nên sổ sách phải trả lời được: khoản doanh thu này thuộc sản phẩm nào, dự án nào.
- Tách sản phẩm khỏi dịch vụ triển khai ngay trong hợp đồng và hóa đơn nếu bản chất giao dịch thực tế tách được. Sửa sau khi kết thúc năm thường tốn công hơn nhiều.
- Lập bảng theo dõi mốc thời gian của từng dự án. Nhân sự đổi người thì mốc bắt đầu dễ bị thất lạc, và sai mốc kéo lệch cả chuỗi năm ưu đãi.
Case study giả định: nền tảng SaaS
- Tình huống: công ty tự phân tích, thiết kế, lập trình, kiểm thử nền tảng và thu phí thuê bao hằng tháng.
- Vướng mắc: một hóa đơn gộp cả thuê bao, phí triển khai và đào tạo.
- Cách xử lý: tách hợp đồng và mã dịch vụ theo đúng bản chất giao dịch, lưu tài liệu yêu cầu, backlog, biên bản nghiệm thu, tài liệu kiểm thử.
- Kết quả mong muốn: xác định được phần thu nhập từ hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm và phần doanh thu mang bản chất cung cấp dịch vụ công nghệ số để đánh giá riêng, thay vì mặc nhiên coi toàn bộ doanh thu SaaS là thu nhập ưu đãi.
- Bài học: hồ sơ kỹ thuật và sổ kế toán cần khớp nhau về sản phẩm và thời điểm.
Rủi ro cần lưu ý
- Áp thuế suất ưu đãi cho cả phần thu nhập từ dịch vụ ngoài phạm vi ưu đãi sản xuất sản phẩm phần mềm.
- Đếm sai năm miễn thuế do nhầm giữa năm có doanh thu và năm có thu nhập chịu thuế.
- Cộng dồn chính sách theo cảm tính, không đọc điều kiện từng văn bản.
- Chi phí phân bổ thiếu tiêu chí nhất quán, dẫn đến khó giải trình khi quyết toán.
Chuẩn hóa hồ sơ sản xuất phần mềm giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền ưu đãi thuế như thế nào?
Hồ sơ chuẩn giúp bạn truy được một đường thẳng từ sản phẩm, qua tài liệu kỹ thuật, đến hợp đồng, doanh thu và tờ khai. Khi cơ quan thuế hỏi, bạn trả lời bằng tài liệu có ngày tháng và người phụ trách, không phải bằng lời giải thích. Việc này nên làm liên tục trong năm, vì dựng lại cuối kỳ thường thiếu và khó thuyết phục.
Từ năm 2026, hồ sơ nội bộ không còn được thiết kế theo mục tiêu “đủ 7 công đoạn” của Thông tư 13/2020/TT-BTTTT. Theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp cần chứng minh công việc thực tế mình thực hiện để tạo ra sản phẩm phần mềm, chẳng hạn nghiên cứu và phát triển, phân tích, sáng tạo, thiết kế, lập trình, thử nghiệm, kiểm thử hoặc đóng gói.
Bộ Khoa học và Công nghệ cũng hướng dẫn doanh nghiệp tự chứng minh, tự xác định hoạt động sản xuất phần mềm và chịu trách nhiệm về tính xác thực của hồ sơ. Vì vậy, hồ sơ nên trả lời ba câu hỏi: doanh nghiệp thực tế đã làm gì, ai thực hiện và bằng chứng nằm ở đâu.
Ma trận truy xuất: hồ sơ nào chứng minh điều gì
| Tài liệu | Chứng minh gì | Điểm hay thiếu logic |
| Tài liệu yêu cầu/phân tích nếu doanh nghiệp có thực hiện | Bằng chứng về công việc phân tích, xác định chức năng hoặc phạm vi sản phẩm | Tài liệu lập hồi tố hoặc không xác định được phiên bản/thời điểm |
| Tài liệu thiết kế nếu có | Kiến trúc, giao diện, giải pháp kỹ thuật và công việc thiết kế | Không có người lập, phiên bản hoặc lịch sử thay đổi |
| Repository mã nguồn | Bằng chứng về quá trình lập trình | Chỉ có một lần commit lớn cuối kỳ hoặc mất lịch sử khi chuyển kho |
| Test case, biên bản kiểm thử | Bằng chứng về thử nghiệm/kiểm thử | Kết quả không gắn với phiên bản sản phẩm |
| Release note, tài liệu đóng gói/bàn giao | Bằng chứng về việc hoàn thiện sản phẩm và liên kết giữa phiên bản với giao dịch | Số phiên bản khác giữa tài liệu kỹ thuật, hợp đồng và nghiệm thu |
| Hợp đồng, hóa đơn | Liên kết sản phẩm/dịch vụ với nguồn thu | Mô tả quá chung, không xác định được sản phẩm, module hoặc loại dịch vụ |
Bảng rà soát nhanh
| Hạng mục | Đã có | Cần bổ sung |
| Danh sách sản phẩm và module | □ | □ |
| Bằng chứng về công việc sản xuất thực tế theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP | □ | □ |
| Tài liệu phân tích/thiết kế nếu doanh nghiệp thực hiện | □ | □ |
| Bằng chứng phát triển mã nguồn nếu có hoạt động lập trình | □ | □ |
| Kiểm thử, đóng gói và nghiệm thu theo phạm vi thực tế | □ | □ |
| Hợp đồng và hóa đơn theo sản phẩm/dịch vụ | □ | □ |
| Bảng phân loại doanh thu, thu nhập | □ | □ |
| Bảng tính thời hạn ưu đãi | □ | □ |
Quy trình chuẩn hóa hằng năm
- Lập danh mục sản phẩm và module, đánh dấu sản phẩm nào do công ty tự phát triển.
- Gán mã sản phẩm thống nhất giữa kỹ thuật, kinh doanh và kế toán.
- Lập bản đồ các công việc sản xuất thực tế theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP, mỗi công việc có người phụ trách và tài liệu tương ứng.
- Thu hợp đồng, hóa đơn, biên bản nghiệm thu, gắn từng loại vào mã sản phẩm.
- Phân loại doanh thu theo bản chất: bán/chuyển giao quyền sử dụng sản phẩm, thuê bao/SaaS, đặt hàng riêng, tích hợp, đào tạo, bảo trì và các dịch vụ khác.
- Chốt mốc bắt đầu doanh thu và thu nhập cho từng dự án, rồi lập bảng tính ưu đãi theo năm.
- Nhờ một người độc lập rà soát trước khi kê khai hoặc quyết toán.
Cách phân loại theo mô hình kinh doanh
- SaaS thu phí thuê bao: theo pháp luật công nghiệp công nghệ số, cung cấp sản phẩm công nghệ số dưới dạng dịch vụ là dịch vụ công nghệ số. Vì vậy cần tách việc doanh nghiệp sản xuất ra phần mềm với hoạt động cung cấp phần mềm dưới dạng dịch vụ, không mặc nhiên áp ưu đãi sản xuất phần mềm cho toàn bộ doanh thu thuê bao.
- Phần mềm đóng gói bán/chuyển giao quyền sử dụng: theo dõi theo sản phẩm và phiên bản, đồng thời liên kết doanh thu với dự án đầu tư mới đủ điều kiện.
- Phần mềm đặt hàng riêng: quyền sở hữu sản phẩm không phải tiêu chí duy nhất; cần chứng minh doanh nghiệp thực tế thực hiện công việc sản xuất nào và nguồn thu nhập tương ứng.
- Tích hợp hệ thống: tích hợp được pháp luật liệt kê là dịch vụ công nghệ số; nếu trong hợp đồng còn có phần doanh nghiệp trực tiếp sản xuất sản phẩm phần mềm thì nên tách để đánh giá.
- Bảo trì và hỗ trợ kỹ thuật: bảo hành, bảo trì, vận hành thuộc nhóm dịch vụ công nghệ số; cần xác định riêng thay vì tự động gộp vào thu nhập sản xuất phần mềm.
Chúng tôi lưu ý: phân loại là việc kế toán cần phối hợp thực hiện, nhưng người hiểu sản phẩm và công việc phát triển thực tế là bộ phận kỹ thuật. Hai bên cần ngồi lại một lần mỗi quý.
Ai làm gì
Qua thực tế triển khai, hồ sơ thường đứt ở chỗ không ai sở hữu nó. Nên phân vai rõ:
- Kỹ thuật: lưu tài liệu theo phiên bản, xuất lịch sử phát hành.
- Kinh doanh: ghi đúng tên sản phẩm/dịch vụ trong hợp đồng và báo giá.
- Kế toán: tách doanh thu, chi phí, lập bảng phân bổ và xác định thu nhập.
- Pháp chế hoặc người phụ trách hồ sơ: theo dõi thay đổi văn bản và chữ ký phê duyệt.
Phần khách hàng hay chậm nhất là tài liệu kỹ thuật, vì đội phát triển thường ưu tiên giao sản phẩm. Người làm kế toán dịch vụ nên chủ động nhắc trước kỳ quyết toán, không đợi đến khi lập tờ khai.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế toán Lâm Nguyên
- Đừng tạo tài liệu hồi tố cho đủ bộ. Tài liệu lập bù trông đẹp nhưng dấu thời gian trong hệ thống lưu trữ, email và lịch sử phát hành sẽ không khớp, và điều này làm giảm độ tin cậy của cả bộ hồ sơ.
- Lương lập trình viên là chi phí lớn, nên bảng chấm công theo dự án hoặc theo sản phẩm rất đáng lập. Không có nó, việc tách chi phí cho phần thu nhập đủ điều kiện dễ phụ thuộc nhiều vào ước tính.
- Khi nhân sự chủ chốt nghỉ, hãy bàn giao quyền truy cập repository và thư mục tài liệu trước ngày nghỉ. Mất hồ sơ theo người là nguyên nhân khiến nhiều doanh nghiệp không giải trình được sau một hai năm.
Tình huống minh họa: đặt hàng riêng và phần mềm đóng gói
- Tình huống: công ty vừa bán giấy phép phần mềm đóng gói, vừa nhận làm module riêng cho một khách.
- Vướng mắc: hợp đồng module riêng ghi chung “phát triển và bảo trì hệ thống”, tài liệu thiết kế nằm trong máy cá nhân.
- Cách xử lý: tách phụ lục theo hạng mục và bản chất thực tế, đưa tài liệu lên kho lưu trữ chung có phiên bản, lập bảng phân loại doanh thu.
- Kết quả: kế toán xác định được phần doanh thu cần xem xét theo hoạt động sản xuất và phần dịch vụ cần đánh giá riêng.
- Bài học: sửa hợp đồng và lưu hồ sơ đúng chỗ trước khi phát sinh doanh thu tiết kiệm nhiều công hơn sửa sau.
Lỗi thường gặp trong lập hồ sơ
- Tài liệu chỉ có ở máy cá nhân, mất khi đổi máy hoặc nhân sự nghỉ.
- Số phiên bản trong tài liệu, biên bản và hợp đồng không khớp nhau.
- Ngày tạo tài liệu kỹ thuật nằm sau ngày ghi nhận doanh thu nhưng không có lịch sử hoặc bằng chứng giải thích quá trình phát triển trước đó.
- Repository bị xóa, đổi tổ chức hoặc gộp commit làm mất lịch sử.
- Bảng phân bổ chi phí không ghi giả định, tiêu chí, người phê duyệt.
- Không cập nhật hồ sơ khi văn bản pháp luật thay đổi giữa các kỳ tính thuế.
Các câu hỏi thường gặp:
Công ty gia công phần mềm có được hưởng ưu đãi thuế TNDN không?
Có thể, nếu hoạt động thực tế của doanh nghiệp thuộc phạm vi sản xuất sản phẩm phần mềm theo Luật Công nghiệp công nghệ số và Nghị định 353/2025/NĐ-CP, đồng thời đáp ứng các điều kiện ưu đãi TNDN về dự án và thu nhập. Việc doanh nghiệp không sở hữu sản phẩm cuối cùng hoặc hợp đồng mang tên “outsourcing/gia công” không phải căn cứ duy nhất để kết luận. Ngược lại, chỉ đăng ký ngành nghề “gia công phần mềm” cũng không tự động được ưu đãi.
Sản xuất phần mềm cần đáp ứng quy trình nào?
Từ 01/01/2026, không còn xác định hoạt động sản xuất phần mềm theo quy trình 7 công đoạn của Thông tư 13/2020/TT-BTTTT. Theo Nghị định 353/2025/NĐ-CP, sản xuất sản phẩm phần mềm là thực hiện một hoặc một số công việc như nghiên cứu và phát triển, phân tích, sáng tạo, thiết kế, lập trình, thử nghiệm, kiểm thử, đóng gói và các công việc khác để tạo ra sản phẩm phần mềm.
Doanh nghiệp phải thực hiện bao nhiêu công đoạn trong quy trình sản xuất?
Không có số công đoạn cố định theo quy định mới. Nghị định 353/2025/NĐ-CP sử dụng tiêu chí thực hiện một hoặc một số công việc để sản xuất ra sản phẩm phần mềm. Tuy nhiên, để hưởng ưu đãi TNDN, doanh nghiệp còn phải chứng minh sản phẩm, hoạt động thực tế, dự án đầu tư và phần thu nhập đáp ứng điều kiện ưu đãi; không thể chỉ viện dẫn việc đã thực hiện một công việc kỹ thuật rồi mặc nhiên kết luận được ưu đãi.
Thuế suất ưu đãi đối với sản xuất phần mềm là bao nhiêu?
Thu nhập từ dự án đầu tư mới sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc diện áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện ưu đãi. Thời gian áp dụng thuế suất được tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới có doanh thu.
Sản xuất phần mềm có được miễn thuế 4 năm không?
Có, nếu thu nhập từ dự án đáp ứng điều kiện áp dụng mức ưu đãi tương ứng. Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP, nhóm thu nhập áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm nêu trên được miễn thuế TNDN 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Thời gian miễn, giảm được tính từ năm đầu có thu nhập chịu thuế; nếu không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu kể từ năm đầu có doanh thu thì tính từ năm thứ tư.
Kết luận
Ưu đãi thuế cho doanh nghiệp sản xuất phần mềm chỉ bền khi có ba thứ khớp nhau: bằng chứng kỹ thuật, hợp đồng và doanh thu/thu nhập tách bạch, và mốc thời gian được theo dõi đúng. Thiếu một trong ba, việc giải trình khi quyết toán sẽ khó hơn nhiều.
Việc bạn làm được ngay là lập danh mục sản phẩm, gắn mã sản phẩm vào hợp đồng và hóa đơn, lưu tài liệu kỹ thuật theo phiên bản, đồng thời rà lại hồ sơ dự án đầu tư mới theo quy định hiện hành. Chính sách thuế có thể thay đổi giữa các kỳ, nên hồ sơ cần được rà soát lại mỗi năm.
Nếu bạn muốn có người cùng rà soát hồ sơ sản phẩm, cách tách doanh thu, thu nhập và bảng tính ưu đãi, Kế toán Lâm Nguyên sẵn sàng trao đổi qua Hotline 058.565.2555.
