Doanh nghiệp nhỏ có bị thanh tra thuế không ? Quy mô nhỏ không đồng nghĩa với được miễn quản lý, rà soát hoặc kiểm tra nghĩa vụ thuế. Tuy nhiên, có một thay đổi quan trọng: từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 không còn quy định hoạt động thanh tra thuế do cơ quan thuế tổ chức; thay vào đó, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế dựa trên quản lý rủi ro, dữ liệu và các trường hợp pháp luật quy định.
Vậy doanh nghiệp nhỏ có thể bị kiểm tra trong trường hợp nào, cơ quan thuế sẽ xem xét những gì và cần chuẩn bị ra sao để tránh lúng túng khi nhận thông báo, yêu cầu giải trình hoặc quyết định kiểm tra? Bài viết này sẽ làm rõ sự khác nhau giữa “thanh tra thuế” theo cơ chế trước đây và “kiểm tra thuế” theo quy định hiện hành, đồng thời chỉ ra những hồ sơ doanh nghiệp nên rà soát trước thay vì đợi đến khi cơ quan thuế yêu cầu mới bắt đầu tìm chứng từ.
Doanh nghiệp nhỏ có thể bị kiểm tra thuế không?
Có. Pháp luật hiện hành không quy định một cơ chế miễn kiểm tra thuế chung chỉ vì doanh nghiệp có quy mô nhỏ. Tuy nhiên, không nên hiểu rằng quy mô hoàn toàn không được xem xét: theo Điều 3 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, cơ quan thuế phân nhóm người nộp thuế dựa trên nhiều tiêu chí, trong đó có ngành nghề, loại hình pháp lý, quy mô hoạt động, quy mô doanh thu, số nộp ngân sách, mức độ tuân thủ và lịch sử tuân thủ.
Việc lựa chọn kiểm tra được thực hiện chủ yếu trên cơ sở quản lý rủi ro và các căn cứ pháp luật liên quan, chứ không đơn thuần vì doanh nghiệp lớn hay nhỏ.
Doanh nghiệp nhỏ vẫn nằm trong diện rà soát
Doanh nghiệp nhỏ vẫn phải thực hiện các nghĩa vụ đăng ký, kê khai, nộp thuế, kế toán, hóa đơn và cung cấp thông tin thuộc trường hợp áp dụng theo quy định pháp luật.
Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, nguyên tắc kiểm tra thuế gắn với quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Điều này giúp cơ quan thuế có thể phân tích hồ sơ và dữ liệu trước khi quyết định có cần yêu cầu giải trình hoặc thực hiện biện pháp kiểm tra tiếp theo hay không.
Qua thực tế triển khai, chúng tôi nhận thấy nhiều chủ doanh nghiệp nhỏ có tâm lý chủ quan, nghĩ rằng quy mô nhỏ thì ít bị chú ý. Trong môi trường quản lý thuế điện tử, dữ liệu từ hồ sơ khai thuế, hóa đơn điện tử và các nguồn thông tin được thu thập, chia sẻ hợp pháp có thể được sử dụng để phân tích rủi ro. Vì vậy, doanh nghiệp nhỏ vẫn cần chú ý đến tính nhất quán của dữ liệu, nhưng không nên hiểu rằng bất kỳ sai lệch nhỏ nào cũng tự động dẫn đến kiểm tra.
Phân biệt kiểm tra thuế và thanh tra thuế
Hai thuật ngữ này cần được sử dụng đúng theo khung pháp luật áp dụng từ ngày 01/07/2026.
| Tiêu chí | Kiểm tra thuế của cơ quan thuế | Thanh tra của cơ quan có thẩm quyền |
| Cơ sở hiện hành | Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 tiếp tục quy định hoạt động kiểm tra thuế | Từ 01/07/2026, Luật Quản lý thuế không còn quy định cơ quan thuế tổ chức “thanh tra thuế”; hoạt động thanh tra nếu phát sinh thực hiện theo pháp luật về thanh tra và thẩm quyền của cơ quan liên quan |
| Mục tiêu | Kiểm tra việc thực hiện nghĩa vụ thuế, hồ sơ, dữ liệu và các nội dung thuộc phạm vi quyết định/thông báo kiểm tra | Thực hiện theo mục tiêu, nội dung và phạm vi của quyết định thanh tra của cơ quan có thẩm quyền |
| Đối tượng | Có thể bao gồm doanh nghiệp nhỏ nếu thuộc trường hợp kiểm tra theo quy định | Phụ thuộc đối tượng, phạm vi và thẩm quyền thanh tra theo pháp luật có liên quan |
| Căn cứ | Quản lý rủi ro, kế hoạch/chuyên đề, dấu hiệu vi phạm và các trường hợp luật định | Căn cứ pháp luật về thanh tra và quyết định của cơ quan có thẩm quyền |
| Cách tiếp cận | Tăng cường kiểm tra dựa trên dữ liệu, trực tuyến, từ xa; khi cần có thể kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế | Thực hiện theo trình tự, thủ tục thanh tra tương ứng |
Từ ngày 01/07/2026, khi nói về hoạt động của cơ quan thuế cần sử dụng đúng thuật ngữ kiểm tra thuế, thay vì tiếp tục gọi chung là “thanh tra thuế”. Luật mới yêu cầu áp dụng quản lý rủi ro và công nghệ thông tin, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Đồng thời, nguyên tắc kiểm tra phải hạn chế trùng lặp với hoạt động thanh tra, kiểm toán của cơ quan nhà nước khác.
Cơ quan thuế xác định hồ sơ cần kiểm tra như thế nào
Quy trình lựa chọn không hoàn toàn ngẫu nhiên mà chủ yếu dựa trên quản lý rủi ro. Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, không dưới 90% tổng số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hằng năm được lựa chọn dựa trên kết quả phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro; phần lựa chọn ngẫu nhiên không quá 10%.
- Cơ quan thuế khai thác dữ liệu từ hồ sơ khai thuế, hóa đơn điện tử, cơ sở dữ liệu quản lý thuế và các nguồn thông tin được cơ quan, tổ chức, cá nhân cung cấp hoặc chia sẻ theo quy định pháp luật.
- Dữ liệu được phân tích để đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro theo hệ thống tiêu chí áp dụng cho từng nghiệp vụ quản lý thuế; quy mô doanh nghiệp chỉ là một trong nhiều yếu tố được xem xét.
- Trường hợp hồ sơ thuộc diện cần kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, người nộp thuế có thể nhận thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu và phải phản hồi theo nội dung, thời hạn được yêu cầu.
- Tùy kết quả kiểm tra, cơ quan thuế xử lý theo quy định; nếu phát sinh số thuế thiếu, tiền chậm nộp hoặc hành vi vi phạm thì nghĩa vụ được xác định theo pháp luật áp dụng.
Đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế, Điều 23 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 cho phép cơ quan thuế thu thập thông tin và truy cập dữ liệu phần mềm kế toán, hóa đơn điện tử, máy tính tiền của người nộp thuế theo quy định. Không nên diễn giải quyền này thành việc cơ quan thuế mặc nhiên được truy cập trực tiếp toàn bộ phần mềm kế toán của mọi doanh nghiệp trong hoạt động rà soát thông thường.
Một lỗi doanh nghiệp hay gặp là chỉ quan tâm việc nộp tờ khai đúng hạn mà bỏ qua tính nhất quán giữa hồ sơ thuế, hóa đơn, sổ kế toán và các chứng từ chứng minh giao dịch.
Doanh nghiệp nhỏ vẫn có thể được thanh tra thuế, vì vậy chủ động chuẩn hóa sổ sách và hồ sơ ngay từ đầu sẽ giúp giảm rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra. Xem ngay dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp vừa và nhỏ để được hỗ trợ đúng quy định.
Những dấu hiệu khiến hồ sơ dễ bị chú ý
Không phải doanh nghiệp nhỏ nào cũng bị kiểm tra. Tuy nhiên, các dữ liệu thiếu nhất quán hoặc có dấu hiệu bất thường có thể làm tăng nhu cầu rà soát, giải trình hoặc ảnh hưởng đến kết quả đánh giá rủi ro. Một số tình huống doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra gồm:
- Doanh thu kê khai thấp nhưng dòng tiền liên quan đến hoạt động kinh doanh cao hơn đáng kể và chưa có tài liệu giải thích bản chất khoản tiền.
- Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ lớn hoặc kéo dài qua nhiều kỳ nhưng chưa có giải thích phù hợp với mô hình kinh doanh, doanh thu và tình trạng hàng hóa, dịch vụ.
- Hóa đơn đầu vào có nội dung khó liên hệ với hoạt động kinh doanh thực tế, hoặc phát sinh từ nhà cung cấp có thông tin cần được rà soát.
- Thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, địa chỉ hoặc người đại diện nhiều lần trong thời gian ngắn kèm theo các yếu tố rủi ro khác cần được giải trình.
- Chi phí tăng mạnh nhưng hồ sơ, hóa đơn, chứng từ hoặc tài liệu chứng minh giao dịch chưa đầy đủ theo bản chất và điều kiện pháp luật áp dụng.
Ở bước này doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ tính nhất quán giữa các chỉ tiêu trên hồ sơ khai thuế, hóa đơn, sổ kế toán và chứng từ liên quan, vì đây là nguồn dữ liệu quan trọng phục vụ việc phân tích và giải trình.
Tình huống minh họa
Một doanh nghiệp nhỏ trong ngành thương mại kê khai doanh thu ổn định nhưng khi tự đối chiếu phát hiện tổng tiền vào tài khoản liên quan cao hơn doanh thu ghi nhận gần 30% trong hai quý liên tiếp.
Khoản chênh lệch chưa được phân loại rõ nên có nguy cơ gây khó khăn nếu cơ quan thuế yêu cầu giải trình. Kế toán cần rà soát từng khoản thu, xác định đâu là tiền bán hàng, đâu là khoản vay, hoàn ứng, góp vốn hoặc giao dịch khác và lưu chứng từ tương ứng. Bài học là dòng tiền và doanh thu nên được đối chiếu định kỳ, nhưng chênh lệch giữa tiền vào tài khoản và doanh thu không mặc nhiên đồng nghĩa doanh nghiệp đã che giấu doanh thu.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Qua nhiều hồ sơ đã xử lý, chúng tôi lưu ý ba điểm mà doanh nghiệp nhỏ thường bỏ sót. Thứ nhất, việc thay đổi người đại diện theo pháp luật hoặc địa chỉ kinh doanh nhiều lần tự nó không phải hành vi vi phạm và cũng không đủ để kết luận doanh nghiệp thuộc nhóm rủi ro cao; doanh nghiệp nên lưu đầy đủ hồ sơ và bảo đảm các thay đổi phản ánh đúng hoạt động thực tế.
Thứ hai, với các hóa đơn đầu vào có nội dung khác biệt đáng kể so với hoạt động kinh doanh thông thường, doanh nghiệp cần lưu tài liệu chứng minh mục đích sử dụng và bản chất giao dịch thay vì chỉ dựa vào việc hóa đơn đã được phát hành hợp lệ.
Thứ ba, doanh nghiệp không nên chỉ quan tâm đến doanh thu hoặc số lượng lao động; cơ quan thuế thực hiện phân nhóm và quản lý dựa trên nhiều tiêu chí, bao gồm cả quy mô, ngành nghề và lịch sử tuân thủ.
Lỗi thường gặp cần tránh
- Chỉ đối chiếu số liệu một lần vào cuối năm thay vì theo dõi định kỳ theo từng kỳ kê khai.
- Không lưu giữ hợp đồng, biên bản giao nhận hoặc tài liệu tương ứng làm căn cứ cho các giao dịch trọng yếu.
- Không phản hồi đúng nội dung và thời hạn khi nhận yêu cầu hợp pháp từ cơ quan thuế, làm kéo dài quá trình xử lý và có thể phát sinh biện pháp quản lý tiếp theo theo quy định.
- Ký hồ sơ báo cáo mà không có bước kiểm tra nội bộ trước, khiến sai sót nhỏ tồn đọng qua nhiều kỳ.
Nếu doanh nghiệp nhỏ đang có chênh lệch giữa hóa đơn, tờ khai, sổ kế toán hoặc dòng tiền nhưng chưa xác định được mức độ rủi ro, Kế Toán Lâm Nguyên có thể hỗ trợ rà soát hồ sơ trước khi doanh nghiệp gửi giải trình hoặc làm việc với cơ quan thuế. Liên hệ Hotline 058.565.2555 để được kiểm tra theo dữ liệu thực tế.
Nhận diện dấu hiệu rủi ro thuế để chủ động xử lý trước khi bị kiểm tra
Rủi ro thuế không nhất thiết xuất hiện đột ngột mà có thể hình thành từ những sai lệch giữa doanh thu, hóa đơn, dòng tiền và chứng từ chi phí. Doanh nghiệp nhận diện được các điểm thiếu nhất quán sớm sẽ có thời gian kiểm tra, giải trình hoặc điều chỉnh theo quy định trước khi hồ sơ phát sinh yêu cầu xử lý sâu hơn. Ngược lại, để dữ liệu sai lệch kéo dài qua nhiều kỳ có thể khiến việc đối chiếu và giải trình phức tạp hơn.
Nhóm dữ liệu cần theo dõi định kỳ
Không phải mọi biến động đều là dấu hiệu rủi ro. Vấn đề nằm ở việc biến động đó có căn cứ và giải thích được bằng hồ sơ hay không.
| Nhóm dữ liệu | Trạng thái cần duy trì | Dấu hiệu cần tự rà soát |
| Doanh thu | Biến động có căn cứ từ hoạt động kinh doanh, mùa vụ, hợp đồng | Tăng hoặc giảm đột biến nhưng chưa xác định được nguyên nhân |
| Hóa đơn | Nội dung hàng hóa, dịch vụ có căn cứ và phù hợp giao dịch thực tế | Hóa đơn khó chứng minh mối liên hệ với hoạt động kinh doanh hoặc nhà cung cấp có thông tin bất thường |
| Dòng tiền | Có thể đối chiếu nguồn gốc và bản chất từng khoản trọng yếu | Tiền vào, ra lớn hoặc luân chuyển nhanh nhưng thiếu chứng từ, diễn giải phù hợp |
| Chi phí | Có hóa đơn, chứng từ và hồ sơ phù hợp với điều kiện áp dụng | Chi phí lớn nhưng hồ sơ chứng minh giao dịch chưa đầy đủ |
| Nhân sự | Có hồ sơ lao động, tiền lương phù hợp hoạt động thực tế | Doanh thu, chi phí nhân công và quy mô vận hành có chênh lệch bất thường cần được giải thích |
Qua thực tế triển khai, chúng tôi thường bắt đầu từ các khoản có biến động lớn hoặc thiếu căn cứ giải thích, vì đây là nơi doanh nghiệp dễ gặp khó khăn nhất khi phải đối chiếu chéo giữa các nguồn dữ liệu.
Bốn tình huống thường gặp trong thực tế
- Doanh thu tăng đột biến giữa hai kỳ liên tiếp: Kỳ trước gần như không phát sinh, kỳ sau tăng mạnh nhưng số thuế GTGT phải nộp hoặc cơ cấu đầu vào – đầu ra biến động khác thường. Đây chưa phải bằng chứng sai phạm, nhưng doanh nghiệp nên xác định nguyên nhân và chuẩn bị dữ liệu giải thích sự thay đổi.
- Dữ liệu giữa các nguồn không đồng nhất: Doanh thu trên sổ kế toán không khớp dữ liệu hóa đơn, hồ sơ khai thuế khác báo cáo tài chính hoặc dòng tiền chưa giải thích được bằng giao dịch tương ứng. Chênh lệch có thể xuất phát từ khác biệt về thời điểm ghi nhận hoặc giao dịch không phải doanh thu, vì vậy cần xác định nguyên nhân trước khi kết luận là sai phạm.
- Hóa đơn đầu vào cần rà soát: Nội dung hàng hóa, dịch vụ không phù hợp với hoạt động thực tế, nhà cung cấp có trạng thái hoặc thông tin bất thường, hoặc khối lượng giao dịch không phù hợp với hồ sơ kho, vận chuyển và năng lực thực tế của doanh nghiệp đều là những trường hợp nên kiểm tra chứng từ kỹ hơn.
- Hoạt động doanh nghiệp có biến động đáng kể: Việc thay đổi người đại diện, địa chỉ, cơ cấu hoạt động hoặc phát sinh giao dịch lớn sau thời gian dài ít hoạt động không tự động đồng nghĩa với rủi ro cao. Tuy nhiên, các biến động này kết hợp với dữ liệu kê khai, hóa đơn hoặc lịch sử tuân thủ có thể được xem xét trong quá trình phân tích rủi ro theo quy định hiện hành.
Vì sao những dấu hiệu này lại quan trọng
Cơ chế quản lý rủi ro hiện hành phân loại người nộp thuế và hồ sơ theo các mức rủi ro để áp dụng biện pháp quản lý phù hợp. Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, việc lựa chọn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế dựa trên kết quả phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro chiếm không dưới 90% tổng số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hằng năm.
Lựa chọn ngẫu nhiên không quá 10%. Do đó, một dấu hiệu đơn lẻ không đồng nghĩa chắc chắn bị kiểm tra và cũng không nên mô tả rủi ro như một số điểm tự động “cộng dồn” theo công thức công khai.
Việc doanh nghiệp cần chủ động rà soát
- Rà soát doanh thu theo từng kỳ để phát hiện sai lệch sớm, không đợi đến cuối năm mới đối chiếu tổng thể.
- Đối chiếu hóa đơn đầu vào với hàng hóa, dịch vụ thực tế và hồ sơ mua bán để xác định chứng từ nào cần bổ sung căn cứ.
- Kiểm tra dòng tiền ngân hàng so với doanh thu và các giao dịch kế toán, phân loại những khoản không phải doanh thu như vay, góp vốn, hoàn ứng hoặc giao dịch nội bộ và lưu chứng từ tương ứng.
- Chuẩn hóa hồ sơ chứng từ ngay từ đầu để rút ngắn thời gian phản hồi khi có yêu cầu giải trình, tránh gián đoạn hoạt động kinh doanh.
Ở bước rà soát dòng tiền, doanh nghiệp nên kiểm tra các khoản tiền vào và ra lớn trong thời gian ngắn để xác định rõ bản chất và tài liệu chứng minh. Việc tiền vào rồi chuyển/rút ra nhanh không tự nó chứng minh giao dịch không có thật và cũng không nên được mô tả như một tiêu chí vi phạm mặc định.
Tình huống minh họa
Một công ty thương mại nhỏ có doanh thu năm đầu khoảng 2 tỷ đồng, kỳ gần nhất tăng lên 8 tỷ đồng nhưng số thuế GTGT phải nộp không tăng tương ứng. Đồng thời, hóa đơn đầu vào tập trung vào một số nhà cung cấp và dòng tiền có nhiều khoản luân chuyển nhanh.
Đây chưa phải bằng chứng doanh nghiệp vi phạm nhưng là tình huống cần tự rà soát. Kế toán nên đối chiếu chuỗi hóa đơn, hồ sơ giao nhận, thông tin nhà cung cấp và bản chất từng khoản tiền trước khi lập hồ sơ giải trình nếu được yêu cầu. Bài học là biến động doanh thu lớn nên đi kèm bảng đối chiếu doanh thu, đầu vào, đầu ra và nghĩa vụ thuế tương ứng.
Đây không phải là bằng chứng doanh nghiệp vi phạm, mà là nhóm dữ liệu cần được kiểm tra và giải trình kỹ nếu phát sinh chênh lệch.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Rủi ro không chỉ đến từ việc doanh nghiệp nộp ít thuế, mà còn có thể đến từ sự thiếu nhất quán giữa các nguồn dữ liệu. Chúng tôi lưu ý ba điểm dễ bị bỏ sót. Thứ nhất, doanh nghiệp thường chỉ so sánh doanh thu giữa hai kỳ mà quên đối chiếu thuế đầu ra, đầu vào, giá vốn và lợi nhuận tương ứng; việc theo dõi đồng thời các chỉ tiêu giúp doanh nghiệp tự phát hiện sự thiếu nhất quán trước khi phải giải trình.
Thứ hai, việc tập trung mua hàng từ một hoặc vài nhà cung cấp không sai về nguyên tắc; điều quan trọng là doanh nghiệp có thể chứng minh giao dịch thực tế, hàng hóa/dịch vụ nhận được và điều kiện thanh toán theo quy định. Thứ ba, các khoản tiền luân chuyển nhanh nên có diễn giải và chứng từ rõ ràng để doanh nghiệp chứng minh bản chất giao dịch khi cần, thay vì mặc định đây là dấu hiệu giao dịch không có thực.
Lỗi thường gặp khi tự rà soát rủi ro
- Chỉ so sánh doanh thu tuyệt đối giữa các kỳ mà không đối chiếu thuế đầu ra, đầu vào, giá vốn và lợi nhuận tương ứng.
- Không lưu hồ sơ giải thích cho các khoản chi phí, hợp đồng khi làm việc với nhà cung cấp có quy mô nhỏ hoặc mới.
- Bỏ qua việc đối chiếu hóa đơn điện tử với sổ kế toán theo từng kỳ, để lệch dữ liệu kéo dài đến cuối năm mới phát hiện.
- Thay đổi thông tin đăng ký kinh doanh nhưng không kiểm tra việc cập nhật đồng bộ dữ liệu thuế và các hồ sơ liên quan.
Cách chuẩn bị khi doanh nghiệp nhỏ bị kiểm tra thuế
Khi nhận được thông báo, yêu cầu giải trình hoặc quyết định kiểm tra, việc đầu tiên cần làm là xác định đúng phạm vi yêu cầu, sau đó tập hợp hồ sơ theo từng kỳ và đối chiếu các nguồn dữ liệu quan trọng như sổ kế toán, hóa đơn điện tử, hồ sơ khai thuế và dòng tiền có liên quan.
Doanh nghiệp chuẩn bị tốt là doanh nghiệp có thể giải trình các chênh lệch trọng yếu bằng tài liệu cụ thể, không chỉ bằng lời giải thích miệng. Việc chuẩn bị kỹ từ đầu giúp giảm thời gian làm việc với cơ quan thuế và hạn chế việc phải bổ sung hồ sơ nhiều lần.
Bước 1: Xác định phạm vi yêu cầu
Đọc kỹ nội dung thông báo, giấy mời hoặc quyết định kiểm tra trước khi chuẩn bị tài liệu. Cần xác định rõ kỳ tính thuế, loại thuế, nội dung được yêu cầu và hình thức làm việc, có thể là trực tuyến, tại cơ quan thuế hoặc tại trụ sở doanh nghiệp.
Một lỗi dễ gặp là doanh nghiệp tập hợp tài liệu không theo phạm vi yêu cầu, vừa mất thời gian vừa làm việc giải trình thiếu trọng tâm. Người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Bước 2: Lập bộ hồ sơ theo từng kỳ
Bộ hồ sơ cần được tổ chức theo kỳ tính thuế để dễ truy xuất khi có yêu cầu, gồm các nhóm tài liệu sau:
- Tờ khai thuế và báo cáo tài chính của kỳ liên quan.
- Sổ cái, sổ chi tiết theo từng khoản mục.
- Hóa đơn đầu vào và đầu ra, cùng hợp đồng, đơn đặt hàng hoặc hồ sơ giao dịch tương ứng nếu có.
- Biên bản giao nhận, nghiệm thu, phiếu nhập xuất kho hoặc tài liệu tương ứng theo bản chất giao dịch.
- Phiếu thu, phiếu chi, sao kê và chứng từ ngân hàng.
- Hồ sơ lương, bảo hiểm và khấu trừ thuế thu nhập cá nhân nếu doanh nghiệp có sử dụng lao động và phát sinh nghĩa vụ tương ứng.
Qua thực tế triển khai, chúng tôi nhận thấy nhóm tài liệu thường khó truy xuất là hồ sơ giao nhận, nghiệm thu, nhập xuất kho hoặc các chứng từ chứng minh giao dịch thực tế. Doanh nghiệp thường lưu hóa đơn điện tử tương đối đầy đủ nhưng hợp đồng và hồ sơ thực hiện giao dịch lại phân tán, khiến việc giải trình tốn thời gian.
Bước 3: Đối chiếu ba nguồn dữ liệu
So sánh sổ kế toán, hóa đơn điện tử và dòng tiền ngân hàng là một bước quan trọng để đánh giá độ nhất quán của hồ sơ giải trình. Những chênh lệch trọng yếu giữa các nguồn này cần được xác định nguyên nhân và có tài liệu chứng minh phù hợp, thay vì chỉ giải thích bằng lời.
Ở bước này cần kiểm tra kỹ thời điểm lập hóa đơn, thời điểm ghi nhận doanh thu kế toán và thời điểm xác định doanh thu tính thuế theo quy định tương ứng. Ví dụ, giao dịch hoàn thành cuối tháng 12 nhưng hóa đơn hoặc doanh thu lại được ghi nhận sang tháng 1 năm sau cần được kiểm tra căn cứ pháp lý và hồ sơ thực tế, không nên mặc định mọi trường hợp lệch thời điểm đều có cùng cách xử lý.
Bước 4: Kiểm tra các khoản chi phí
Mỗi khoản chi phí lớn cần được đánh giá theo các điều kiện pháp luật áp dụng: có liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh hay không; hóa đơn, chứng từ và hồ sơ giao dịch có đầy đủ theo trường hợp tương ứng hay không; có giao dịch với bên liên kết hay bên có quan hệ đặc biệt cần rà soát không; và hình thức thanh toán có đáp ứng điều kiện được trừ, khấu trừ nếu pháp luật yêu cầu hay không.
Chi phí trả trước phân bổ chưa đúng kỳ hoặc tài sản cố định ghi nhận thiếu hồ sơ là những điểm doanh nghiệp nên tự rà soát trước khi làm việc với cơ quan thuế.
Bước 5: Phản hồi bằng văn bản khi cần
Trả lời đúng nội dung được yêu cầu, đính kèm bảng giải trình và tài liệu chứng minh. Doanh nghiệp không nên tự ý từ chối yêu cầu hợp pháp của cơ quan thuế nhưng cũng không cần cung cấp tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra nếu pháp luật không yêu cầu. Toàn bộ văn bản và danh mục tài liệu đã gửi nên được lưu để theo dõi.
Checklist chuẩn bị trước khi làm việc với cơ quan thuế
- Doanh thu đã đối chiếu với hóa đơn xuất ra và hồ sơ khai thuế.
- Hóa đơn đầu vào đã được đối chiếu trạng thái và có hồ sơ chứng minh giao dịch phù hợp.
- Báo cáo tài chính đã khớp với số liệu trên sổ kế toán hoặc chênh lệch đã được xác định nguyên nhân.
- Sổ phụ ngân hàng đã đối chiếu với sổ tiền gửi và các tài khoản kế toán liên quan.
- Hợp đồng, biên bản giao nhận, nghiệm thu hoặc hồ sơ tương ứng đã được chuẩn bị cho các giao dịch trọng yếu theo bản chất giao dịch.
- Chi phí có hóa đơn, chứng từ và tài liệu đáp ứng điều kiện pháp luật áp dụng; các trường hợp pháp luật cho phép sử dụng chứng từ khác đã được chuẩn bị đúng quy định.
- Công nợ phải thu, phải trả trọng yếu đã được đối chiếu và có hồ sơ giải thích nếu phát sinh chênh lệch.
- Hàng tồn kho đã được đối chiếu với sổ sách và kết quả kiểm kê, các trường hợp âm hoặc chênh lệch đã được xử lý.
- Hồ sơ lao động, tiền lương và bảo hiểm đầy đủ nếu có sử dụng nhân sự và phát sinh nghĩa vụ tương ứng.
- Đã phân công người phụ trách chính làm việc với cơ quan thuế.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Chúng tôi lưu ý ba điểm mà doanh nghiệp nhỏ hay bỏ sót khi chuẩn bị hồ sơ kiểm tra. Thứ nhất, cần phân biệt rõ yêu cầu giải trình với quyết định kiểm tra chính thức, vì phạm vi và cách chuẩn bị hồ sơ có thể khác nhau.
Thứ hai, doanh nghiệp không nên tự ý sửa hoặc thay đổi số liệu sổ sách sau khi nhận yêu cầu kiểm tra mà không thực hiện đúng thủ tục kế toán, khai bổ sung hoặc hồ sơ điều chỉnh theo quy định. Nếu phát hiện sai sót, cần xác định trước doanh nghiệp còn quyền khai bổ sung hay phải thực hiện cơ chế giải trình tương ứng. Thứ ba, chủ doanh nghiệp nên phân công một người đầu mối chính làm việc với cơ quan thuế, tránh tình trạng nhiều người phản hồi không thống nhất nội dung.
Tình huống minh họa
Một công ty xây dựng nhỏ nhận yêu cầu kiểm tra liên quan đến chi phí nguyên vật liệu tăng mạnh trong một quý. Khi tự rà soát, doanh nghiệp phát hiện hồ sơ nghiệm thu theo giai đoạn chưa được tập hợp đầy đủ, trong khi hóa đơn đã lưu trên hệ thống.
Doanh nghiệp cần đối chiếu hồ sơ thi công, biên bản nghiệm thu, tài liệu giao nhận vật tư và chứng từ thanh toán đang có để lập bảng giải trình nhất quán. Bài học là hồ sơ chứng minh quá trình thực hiện giao dịch nên được lưu cùng hóa đơn ngay từ đầu thay vì chờ đến khi nhận yêu cầu mới tập hợp.
Lỗi thường gặp khi chuẩn bị hồ sơ kiểm tra
- Chỉ lưu file hóa đơn điện tử mà không lưu hồ sơ giao dịch, hợp đồng, giao nhận hoặc nghiệm thu tương ứng khi cần.
- Không đối chiếu hóa đơn đầu vào với số liệu tồn kho và hoạt động thực tế.
- Dùng tài khoản cá nhân của chủ doanh nghiệp để nhận tiền bán hàng, khiến việc đối chiếu dòng tiền với hoạt động của doanh nghiệp trở nên phức tạp.
- Ghi nhận hoặc kê khai doanh thu sai thời điểm so với quy định áp dụng cho giao dịch thực tế.
- Chỉnh sửa sổ sách sau khi nhận yêu cầu mà không lập hồ sơ điều chỉnh hoặc thực hiện khai bổ sung, giải trình theo đúng quy định.
Các câu hỏi thường gặp:
Khi phát hiện sai sót trước khi bị kiểm tra, doanh nghiệp nên làm gì?
Nên rà soát, xác định nguyên nhân và thực hiện khai bổ sung khi thuộc trường hợp pháp luật cho phép. Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, thời hạn khai bổ sung là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót, với các trường hợp được luật quy định.
Nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn thì phải xử lý số tiền tăng thêm và tiền chậm nộp nếu có. Đối với nội dung thuộc phạm vi, thời kỳ đã kiểm tra, pháp luật quy định cơ chế bổ sung hồ sơ giải trình và xem xét điều chỉnh riêng.
Có thể tra cứu doanh nghiệp rủi ro về hóa đơn không?
Doanh nghiệp có thể tra cứu một số thông tin công khai về người nộp thuế, trạng thái mã số thuế, hóa đơn và các thông tin được cơ quan thuế công khai theo quy định. Tuy nhiên, kết quả phân loại mức độ rủi ro và toàn bộ bộ tiêu chí quản lý rủi ro không phải là một danh sách công khai đầy đủ để doanh nghiệp tự tra cứu và kết luận rằng một đối tác “rủi ro” hay “không rủi ro”.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi nhận yêu cầu giải trình?
Chuẩn bị văn bản giải trình, hồ sơ khai thuế liên quan, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán và tài liệu chứng minh đúng nội dung được yêu cầu; đối chiếu số liệu trước khi gửi. Đồng thời, doanh nghiệp nên lưu bản đã nộp và danh mục tài liệu bàn giao để phục vụ đối chiếu sau này.
Doanh thu thấp có tránh được kiểm tra thuế không?
Không. Pháp luật không quy định doanh nghiệp có doanh thu thấp mặc nhiên được miễn kiểm tra. Tuy nhiên, quy mô hoạt động, quy mô doanh thu và số nộp ngân sách là một trong các nhóm tiêu chí được sử dụng để phân nhóm người nộp thuế, bên cạnh ngành nghề, mức độ tuân thủ, lịch sử tuân thủ và các tiêu chí rủi ro khác.
Kết luận
Doanh nghiệp nhỏ vẫn có thể bị kiểm tra thuế nếu thuộc trường hợp luật định hoặc được lựa chọn theo cơ chế quản lý rủi ro; quy mô nhỏ không phải yếu tố miễn trừ. Từ ngày 01/07/2026, cần lưu ý cơ quan thuế không còn tổ chức hoạt động mang tên thanh tra thuế theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15. Điều này không loại trừ hoạt động thanh tra của cơ quan nhà nước khác theo thẩm quyền và pháp luật về thanh tra.
Cách bảo vệ hồ sơ hiệu quả nhất là đối chiếu định kỳ giữa doanh thu, hóa đơn, sổ kế toán, dòng tiền và chứng từ chi phí, thay vì chỉ xử lý dồn vào cuối năm. Khi hồ sơ được chuẩn hóa từ đầu, doanh nghiệp vừa giảm nguy cơ phát sinh sai sót kéo dài vừa thuận lợi hơn khi nhận yêu cầu giải trình hoặc quyết định kiểm tra từ cơ quan thuế.
Nếu doanh nghiệp cần rà soát lại số liệu, chuẩn hóa hồ sơ hoặc cần đơn vị đồng hành khi làm việc với cơ quan thuế, Kế Toán Lâm Nguyên sẵn sàng hỗ trợ. Liên hệ Hotline 058.565.2555 để được tư vấn cụ thể theo tình hình thực tế của doanh nghiệp.
