Bao lâu thì doanh nghiệp bị kiểm tra thuế là câu hỏi khiến không ít chủ doanh nghiệp lo lắng, đặc biệt khi nhận được thông báo từ cơ quan thuế hoặc khi hoạt động kinh doanh có biến động về doanh thu, chi phí, hóa đơn, hoàn thuế.
Trên thực tế, không phải doanh nghiệp nào cũng bị kiểm tra theo một chu kỳ cố định; việc lựa chọn kiểm tra thường dựa trên quản lý rủi ro, dấu hiệu bất thường trong hồ sơ khai thuế, kế hoạch/chuyên đề kiểm tra và các trường hợp kiểm tra theo quy định của pháp luật thuế.
Hiểu đúng thời điểm có thể bị kiểm tra, các trường hợp dễ nằm trong diện rà soát và cách chuẩn bị chứng từ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động giảm thiểu sai sót, hạn chế nguy cơ bị truy thu, phạt chậm nộp hoặc xử phạt vi phạm hành chính. Bài viết dưới đây sẽ làm rõ doanh nghiệp thường bị kiểm tra thuế sau bao lâu, cơ quan thuế căn cứ vào đâu để lựa chọn kiểm tra và những việc cần chuẩn bị để tự tin làm việc khi có quyết định kiểm tra.
Cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp kiểm tra theo rủi ro, không theo chu kỳ cố định
Không có quy định nào ấn định “cứ đủ 3 năm hay 5 năm là doanh nghiệp chắc chắn bị kiểm tra thuế”. Việc lựa chọn hồ sơ để kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hiện nay dựa chủ yếu vào phân tích, đánh giá rủi ro trên dữ liệu kê khai, hóa đơn và các thông tin liên quan.
Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, tỷ trọng lựa chọn qua phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ và rủi ro không dưới 90% tổng số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hằng năm, phần lựa chọn ngẫu nhiên không quá 10%. Điều này có nghĩa doanh nghiệp có mức rủi ro thấp vẫn có thể được lựa chọn ngẫu nhiên, còn doanh nghiệp có mức rủi ro cao có khả năng được ưu tiên xem xét đưa vào kế hoạch kiểm tra hơn; tuy nhiên, mức rủi ro cao không đồng nghĩa doanh nghiệp chắc chắn sẽ bị kiểm tra ngay.
Đáng lưu ý, theo Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/08/2026, khi lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, cơ quan thuế còn kết hợp xem xét trường hợp đã quá 05 năm chưa được kiểm tra thuế. Đây là yếu tố để xem xét lựa chọn, không phải quy định cứ đủ 05 năm thì doanh nghiệp bắt buộc bị kiểm tra.
Dữ liệu quyết định, không phải thời gian trôi qua
Cơ quan thuế thu thập và đối chiếu dữ liệu từ nhiều nguồn: tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, hồ sơ hoàn thuế, tình trạng nợ thuế và các thông tin liên kết khác. Từ đó, hệ thống quản lý rủi ro phân loại người nộp thuế theo từng nghiệp vụ cụ thể ở ba mức: rủi ro cao, rủi ro trung bình, rủi ro thấp. Mức rủi ro có thể khác nhau giữa các nghiệp vụ quản lý thuế vì việc phân loại được thực hiện dựa trên hệ thống tiêu chí phù hợp với đặc thù của từng nghiệp vụ.
Dữ liệu hóa đơn điện tử là một trong những nguồn thông tin quan trọng để cơ quan thuế phân tích, đối chiếu và đánh giá rủi ro. Nếu doanh thu trên hóa đơn xuất ra không thống nhất với số liệu kê khai hoặc hóa đơn đầu vào liên quan đến nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro, đây có thể là dữ liệu được cơ quan thuế sử dụng trong quá trình phân tích, đánh giá. Tuy nhiên, không nên khẳng định một sai lệch đơn lẻ sẽ tự động làm doanh nghiệp bị xếp vào mức rủi ro cao.
Bảng các yếu tố ảnh hưởng đến mức rủi ro
| Yếu tố | Tác động đến đánh giá rủi ro | Nội dung cần rà soát |
| Lịch sử kê khai | Có thể ảnh hưởng đến kết quả đánh giá tuân thủ, rủi ro | Tờ khai, thời hạn nộp, hồ sơ khai bổ sung |
| Hóa đơn | Là nguồn dữ liệu phục vụ phát hiện dấu hiệu bất thường | Đầu vào, đầu ra, trạng thái hóa đơn |
| Hoàn thuế | Mức rủi ro có thể ảnh hưởng việc kiểm tra trước hoặc sau hoàn | Hồ sơ hoàn, chứng từ chứng minh |
| Giao dịch liên kết | Cần bảo đảm nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế | Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết |
| Thay đổi pháp lý | Một số trường hợp rủi ro cao có thể thuộc diện kiểm tra | Giải thể, sáp nhập, chuyển đổi, chuyển địa điểm |
Ba tình huống thường gặp cho thấy sự khác biệt rõ nhất. Doanh nghiệp kê khai ổn định, hồ sơ đầy đủ thường có cơ sở duy trì mức độ tuân thủ tốt hơn. Doanh nghiệp thường xuyên nộp chậm, kê khai sai hoặc phải khai bổ sung nhiều lần có thể phát sinh các chỉ báo ảnh hưởng đến đánh giá tuân thủ, tùy tiêu chí và dữ liệu cụ thể.
Doanh nghiệp có giao dịch liên kết, phát sinh hoàn thuế lớn hoặc thay đổi địa điểm, loại hình doanh nghiệp không mặc nhiên bị xếp rủi ro cao; biện pháp quản lý phụ thuộc kết quả phân loại rủi ro đối với từng nghiệp vụ và các điều kiện pháp luật quy định.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Chúng tôi lưu ý ba điểm mà doanh nghiệp mới thường bỏ sót. Thứ nhất, mức rủi ro thấp không phải là “vé miễn kiểm tra vĩnh viễn” mà chỉ phản ánh trạng thái tại thời điểm đánh giá gần nhất; một kỳ kê khai phát sinh sai lệch đáng kể có thể ảnh hưởng đến kết quả đánh giá ở kỳ tiếp theo.
Thứ hai, doanh nghiệp cần theo dõi song song cả tờ khai và dữ liệu hóa đơn điện tử, vì đây là những nguồn dữ liệu quan trọng để cơ quan thuế đối chiếu, phân tích. Thứ ba, khi có kế hoạch giải thể, sáp nhập hoặc chuyển đổi loại hình, nên chủ động rà soát nghĩa vụ thuế trước khi thực hiện thủ tục, vì trong một số trường hợp, kết quả phân loại rủi ro có thể dẫn đến biện pháp kiểm tra theo quy định.
Để chủ động chuẩn bị sổ sách, hồ sơ và hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra, doanh nghiệp có thể tham khảo dịch vụ kế toán thuế công ty chuyên nghiệp.
Tình huống minh họa
Một doanh nghiệp thương mại giả định có doanh thu ổn định 3 năm liên tiếp và chưa từng bị kiểm tra. Quý gần nhất, doanh nghiệp phát sinh hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng với số tiền lớn do hoạt động nhập khẩu tăng đột biến.
Tùy kết quả phân loại rủi ro và điều kiện của hồ sơ hoàn thuế, hồ sơ có thể thuộc diện kiểm tra trước hoàn hoặc hoàn trước, kiểm tra sau theo quy định. Doanh nghiệp vì vậy nên chủ động rà soát chứng từ hoàn thuế và đối chiếu hóa đơn đầu vào trước khi nộp hồ sơ. Bài học rút ra là lịch sử tuân thủ tốt không loại trừ khả năng phát sinh biện pháp quản lý khác khi nghiệp vụ mới xuất hiện yếu tố rủi ro.
Lỗi thường gặp cần tránh
- Cho rằng doanh nghiệp nhỏ, doanh thu thấp thì không bị đưa vào diện phân tích rủi ro.
- Chỉ theo dõi thời hạn nộp tờ khai mà bỏ qua việc đối chiếu số liệu hóa đơn điện tử với tờ khai đã nộp.
- Không cập nhật hồ sơ khi có giao dịch liên kết mới phát sinh, dẫn đến thiếu tài liệu giải trình khi được yêu cầu.
Nhận diện dấu hiệu rủi ro để biết khi nào doanh nghiệp dễ bị kiểm tra
Doanh nghiệp không cần đợi nhận quyết định kiểm tra mới biết mình đang ở đâu. Nhìn vào cách mình kê khai, xuất hóa đơn và lưu chứng từ, có thể tự nhận diện phần nào các dấu hiệu rủi ro trước khi cơ quan thuế đánh giá. Việc áp dụng biện pháp quản lý phụ thuộc mức rủi ro, nghiệp vụ quản lý thuế và dữ liệu cụ thể của người nộp thuế.
Ba mức rủi ro dẫn đến cách quản lý khác nhau
Theo quy định về quản lý rủi ro trong quản lý thuế, người nộp thuế được phân loại theo mức rủi ro cao, trung bình hoặc thấp trong từng nghiệp vụ quản lý thuế. Việc có tên trong một nhóm rủi ro không đồng nghĩa doanh nghiệp tự động bị kiểm tra tại trụ sở.
| Mức rủi ro | Ý nghĩa quản lý khái quát | Doanh nghiệp nên làm |
| Thấp | Thường có mức ưu tiên kiểm tra thấp hơn theo quản lý rủi ro, nhưng vẫn có thể được lựa chọn ngẫu nhiên hoặc thuộc trường hợp kiểm tra khác theo luật | Duy trì kê khai đúng hạn, lưu trữ chứng từ đầy đủ |
| Trung bình | Tiếp tục được đánh giá và áp dụng biện pháp quản lý phù hợp với từng nghiệp vụ | Chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch, hợp đồng, thanh toán |
| Cao | Có mức độ ưu tiên cao hơn khi cơ quan thuế lựa chọn theo kết quả xếp hạng rủi ro; một số nghiệp vụ có biện pháp quản lý riêng | Rà soát toàn diện, chuẩn bị hồ sơ giải trình và đầu mối làm việc |
Điểm cần lưu ý là rủi ro trung bình không đồng nghĩa doanh nghiệp được loại khỏi việc quản lý hoặc kiểm tra. Biện pháp áp dụng còn phụ thuộc nghiệp vụ quản lý thuế, dữ liệu phát sinh và trường hợp kiểm tra cụ thể theo pháp luật.
Những tình huống thực tế hay làm tăng dấu hiệu rủi ro
Qua thực tế rà soát hồ sơ, một nhóm dấu hiệu doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là sự thiếu nhất quán giữa các nguồn dữ liệu. Những sai lệch này không mặc nhiên đồng nghĩa với gian lận hoặc tự động dẫn đến mức rủi ro cao, nhưng có thể làm phát sinh nhu cầu giải trình, đối chiếu hoặc được đưa vào phân tích rủi ro. Dưới đây là các tình huống phổ biến:
- Doanh thu ghi trên hóa đơn đầu ra không khớp với doanh thu kê khai trên tờ khai thuế, thường do bộ phận bán hàng và bộ phận kế toán ghi nhận ở hai thời điểm khác nhau.
- Chi phí phát sinh lớn nhưng thiếu hợp đồng, biên bản nghiệm thu hoặc chứng từ thanh toán theo quy định, khiến khoản chi phí đó khó chứng minh khi được yêu cầu giải trình.
- Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng nhưng chứng từ chứng minh nguồn gốc hàng hóa, vận chuyển hoặc thanh toán chưa đầy đủ, có thể ảnh hưởng đến việc phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế.
- Doanh nghiệp có giao dịch liên kết nhưng hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết chuẩn bị sơ sài, thiếu căn cứ và tài liệu theo quy định.
- Doanh nghiệp đang làm thủ tục giải thể hoặc chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng chưa đối chiếu công nợ và nghĩa vụ thuế còn tồn đọng.
Một dấu hiệu đơn lẻ trong danh sách trên chưa chắc dẫn đến kiểm tra tại trụ sở. Cơ quan thuế thực hiện phân tích, đánh giá dựa trên hệ thống tiêu chí, mức độ tuân thủ, đặc điểm của từng nghiệp vụ và các thông tin có liên quan trước khi áp dụng biện pháp quản lý phù hợp.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Chúng tôi lưu ý ba điểm doanh nghiệp thường bỏ sót khi tự đánh giá rủi ro của mình. Thứ nhất, rà soát không chỉ là xem tổng số trên báo cáo mà phải đối chiếu chi tiết: doanh thu theo hóa đơn có khớp với doanh thu theo sổ cái không, công nợ phải thu có được đối chiếu đến 31/12 không.
Thứ hai, một lỗi dễ gặp là doanh nghiệp chỉ lưu hóa đơn mà không lưu kèm hợp đồng và biên bản nghiệm thu đối với những giao dịch cần các tài liệu này, nên khi cần giải trình chi phí lớn thì thiếu căn cứ chứng minh bản chất giao dịch. Thứ ba, ở bước chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế, cần kiểm tra kỹ chuỗi chứng từ từ đơn hàng đến thanh toán, vì việc phân loại rủi ro có thể ảnh hưởng đến biện pháp kiểm tra trước hoặc sau hoàn thuế.
Tình huống minh họa
Một doanh nghiệp sản xuất giả định phát sinh chi phí nguyên vật liệu tăng đột biến trong quý cuối năm. Vướng mắc là một số hóa đơn đầu vào có giá trị lớn nhưng thiếu hợp đồng mua bán và biên bản giao nhận kèm theo.
Trong tình huống này, việc bổ sung hợp đồng, phiếu nhập kho, chứng từ giao nhận và chứng từ thanh toán phù hợp sẽ giúp doanh nghiệp có cơ sở chứng minh giao dịch khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình. Bài học là với các khoản chi phí lớn, doanh nghiệp nên chuẩn bị bộ chứng từ phù hợp với bản chất giao dịch thay vì chỉ lưu hóa đơn đầu vào.
Lỗi thường gặp khi tự đánh giá rủi ro
- Chỉ nhìn vào số thuế phải nộp mà không đối chiếu logic giữa doanh thu, chi phí và dòng tiền thực tế trong năm.
- Lưu chứng từ rời rạc, không gắn với từng giao dịch cụ thể, nên khi cần giải trình phải mất nhiều thời gian tìm lại.
- Không cập nhật hồ sơ giao dịch liên kết khi có thay đổi liên quan đến quan hệ liên kết hoặc cơ cấu giao dịch, dẫn đến hồ sơ không phản ánh đúng thực tế tại thời điểm được yêu cầu.
Chuẩn bị hồ sơ đúng cách để rút ngắn và kiểm soát quá trình kiểm tra thuế
Khi đã nhận quyết định kiểm tra, việc quan trọng nhất là tổ chức hồ sơ theo đúng nội dung và phạm vi được yêu cầu. Doanh nghiệp chuẩn bị tốt thường thuận lợi hơn trong quá trình giải trình, còn doanh nghiệp thiếu tổ chức có thể phải bổ sung tài liệu nhiều lần.
Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày. Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thời hạn kiểm tra không quá 40 ngày và có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày.
Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn kiểm tra có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế không tính vào các thời hạn này.
Việc doanh nghiệp chuẩn bị và cung cấp hồ sơ đầy đủ có thể giúp quá trình làm việc thực tế thuận lợi hơn, nhưng không làm thay đổi các giới hạn thời hạn kiểm tra do pháp luật quy định.
Bảy bước cần làm ngay khi nhận quyết định kiểm tra
- Xác minh quyết định hoặc thông báo kiểm tra, đối chiếu đúng tên doanh nghiệp, mã số thuế và cơ quan ban hành.
- Xác định rõ nội dung, kỳ tính thuế và địa điểm kiểm tra được ghi trong quyết định, không giả định phạm vi rộng hơn hoặc hẹp hơn thực tế.
- Lập nhóm phụ trách và chọn một đầu mối chính làm việc với đoàn kiểm tra, bảo đảm thông tin giải trình thống nhất và có căn cứ.
- Đối chiếu tờ khai đã nộp với sổ cái, sổ chi tiết và báo cáo tài chính của kỳ được kiểm tra.
- Kiểm tra hóa đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu và chứng từ thanh toán cho từng giao dịch có giá trị lớn.
- Lập bảng giải trình riêng cho từng vấn đề dự kiến bị hỏi, kèm tài liệu, chứng từ liên quan.
- Lưu lại toàn bộ biên bản làm việc, danh sách tài liệu đã cung cấp và các mốc thời hạn đã thống nhất với đoàn kiểm tra.
Ở bước thứ tư, cần kiểm tra kỹ điểm doanh thu ghi nhận sai kỳ, chẳng hạn doanh thu đã lập hóa đơn ở một kỳ nhưng được hạch toán kế toán ở kỳ khác không phù hợp với quy định. Đây là dạng sai lệch có thể được nhận diện khi cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu hóa đơn, hồ sơ khai thuế và sổ kế toán.
Bảng những việc nên làm và không nên làm
| Nên làm | Không nên làm |
| Lưu hồ sơ theo năm, theo sắc thuế và theo nhóm giao dịch | Trộn lẫn chứng từ nhiều năm, nhiều sắc thuế vào một tập hồ sơ |
| Lập bảng đối chiếu doanh thu giữa hóa đơn, tờ khai, sổ kế toán và báo cáo tài chính | Chỉ cung cấp bảng tổng hợp mà không chuẩn bị tài liệu, chứng từ chứng minh khi được yêu cầu |
| Tách riêng giao dịch giá trị lớn, giao dịch bất thường, giao dịch với bên liên kết | Cung cấp số liệu thiếu thống nhất giữa kế toán, người đại diện và các bộ phận liên quan |
| Cung cấp đầy đủ, chính xác tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra và yêu cầu hợp pháp của đoàn kiểm tra; lập danh sách bàn giao | Tự ý sửa, thay thế hoặc tiêu hủy chứng từ sau khi nhận quyết định/thông báo kiểm tra |
Ở bước rà soát giao dịch với bên liên kết, việc kiểm tra dựa trên nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh, bảo đảm nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất kinh tế của hoạt động kinh doanh; cơ quan thuế không công nhận giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.
Góc nhìn chuyên gia từ Kế Toán Lâm Nguyên
Ở bước này cần kiểm tra kỹ ba điểm mà doanh nghiệp mới thường nhầm lẫn. Thứ nhất, nhiều doanh nghiệp nhầm thời hạn giải trình một yêu cầu cụ thể với thời hạn kiểm tra toàn bộ tại trụ sở, dẫn đến chủ quan trong việc chuẩn bị tài liệu bổ sung. Thứ hai, một lỗi dễ gặp là công nợ phải thu, phải trả không được đối chiếu đến cuối năm trước khi kiểm tra, khiến số dư trên sổ sách khó giải trình nếu phát sinh chênh lệch với hồ sơ của đối tác.
Thứ ba, chúng tôi lưu ý doanh nghiệp nên phân loại tài liệu theo đúng nội dung, phạm vi kiểm tra và yêu cầu của đoàn kiểm tra; tài liệu cung cấp cần đầy đủ, chính xác và có danh sách bàn giao. Nếu phát sinh yêu cầu ngoài phạm vi ban đầu, doanh nghiệp nên xác định rõ nội dung và căn cứ của yêu cầu thay vì tự ý từ chối cung cấp.
Tình huống minh họa
Một doanh nghiệp dịch vụ giả định nhận quyết định kiểm tra thuế thu nhập doanh nghiệp cho hai năm tài chính gần nhất. Vướng mắc là chi phí trả trước của một hợp đồng thuê văn phòng được phân bổ không đúng kỳ, khiến chi phí năm sau bị ghi nhận cao hơn thực tế.
Trong tình huống này, doanh nghiệp nên lập lại bảng phân bổ chi phí trả trước theo thời gian hợp đồng và chuẩn bị giải trình kèm hợp đồng, chứng từ liên quan trước khi đoàn kiểm tra làm việc. Việc chuẩn bị đầy đủ giúp hạn chế phải bổ sung hồ sơ nhiều lần. Bài học là chi phí trả trước cần được rà soát phân bổ hằng kỳ, không nên chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới xử lý.
Lỗi thường gặp làm kéo dài quá trình kiểm tra
- Không rà soát trạng thái hoạt động và các dấu hiệu rủi ro liên quan đến nhà cung cấp, dẫn đến hóa đơn đầu vào phải giải trình khi cơ quan thuế đối chiếu.
- Thiếu chứng từ thanh toán theo điều kiện pháp luật áp dụng đối với giao dịch tương ứng, khiến khoản chi hoặc nghĩa vụ thuế liên quan phải giải trình thêm.
- Ký biên bản làm việc mà không rà soát kỹ nội dung và số liệu được ghi nhận, dẫn đến khó xử lý nếu sau đó phát hiện sai lệch.
Các câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp mới thành lập có bị kiểm tra thuế không?
Có thể. Doanh nghiệp mới thành lập không mặc nhiên được miễn kiểm tra; cơ quan thuế lựa chọn đối tượng dựa trên quản lý rủi ro, dữ liệu, mức độ tuân thủ và các trường hợp kiểm tra theo quy định pháp luật.
Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh có bị kiểm tra thuế không?
Có thể. Tạm ngừng kinh doanh không đồng nghĩa với được miễn quản lý thuế. Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, đối với người nộp thuế thông báo tạm ngừng hoạt động, kinh doanh và được phân loại rủi ro cao, cơ quan thuế tăng cường các biện pháp quản lý phù hợp để xử lý kịp thời nợ thuế, hóa đơn và hành vi vi phạm nếu có; trường hợp rủi ro trung bình hoặc thấp được áp dụng các biện pháp quản lý theo quy định và tiếp tục đánh giá ở kỳ sau.
Kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp kéo dài bao lâu?
Thông thường, thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết có thể gia hạn 01 lần, không quá 20 ngày. Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thời hạn là không quá 40 ngày, có thể gia hạn 01 lần không quá 40 ngày.
Trường hợp phải thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời gian tạm dừng theo thông báo của cơ quan quản lý thuế không tính vào thời hạn kiểm tra.
Cơ quan thuế có thể kiểm tra lại doanh nghiệp nhiều lần trong một năm không?
Không thể áp dụng một quy tắc chung rằng mọi doanh nghiệp chỉ được kiểm tra thuế một lần trong một năm. Theo điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và một số trường hợp như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
Chuyển địa điểm kinh doanh, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Giới hạn này không áp dụng đối với trường hợp kiểm tra lại theo luật. Đồng thời, việc kiểm tra phải tuân thủ nguyên tắc không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian theo quy định.
Kết luận
Không có mốc thời gian cố định nào quyết định khi nào doanh nghiệp bị kiểm tra thuế. Yếu tố quan trọng là mức độ rủi ro thể hiện qua dữ liệu kê khai, hóa đơn, mức độ tuân thủ và tính nhất quán của hồ sơ qua từng kỳ. Bên cạnh đó, theo Quy trình kiểm tra thuế hiện hành, trường hợp đã quá 05 năm chưa được kiểm tra có thể được kết hợp xem xét khi lựa chọn người nộp thuế vào kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, nhưng không đồng nghĩa cứ đủ 05 năm là doanh nghiệp chắc chắn bị kiểm tra.
Doanh nghiệp càng chủ động rà soát số liệu, đối chiếu chứng từ và chuẩn hóa quy trình chốt số cuối năm thì càng có cơ sở nâng cao mức độ tuân thủ, hạn chế các chỉ báo rủi ro không cần thiết và thuận lợi hơn khi làm việc với cơ quan thuế nếu phát sinh kiểm tra.
Nếu doanh nghiệp cần được hỗ trợ rà soát hồ sơ, chuẩn hóa số liệu cuối năm hoặc chuẩn bị trước khi có khả năng bị kiểm tra thuế, có thể liên hệ Kế Toán Lâm Nguyên qua Hotline 058.565.2555 để được tư vấn cụ thể theo tình trạng hồ sơ thực tế.
